JDeveloperからWebDAV接続を削除しても、WebDAVサーバー自体のファイルまたはフォルダにはまったく影響はありません。
ナビゲータ・ペインで「接続」->「WebDAV」ノードの下に表示されたリストから、削除するWebDAV接続を右クリックします。
「接続の削除」を選択します。
WebDAV接続の作成
WebDAV接続のリフレッシュ