JDeveloperを使用する際に、アプリケーション・ナビゲータで主に作業すること、システム・ナビゲータで主に作業すること、または現在実行しているタスクに応じて2つのナビゲータ間を移動することを選択できます。
アプリケーション・ナビゲータで実行できるすべての作業は、システム・ナビゲータでも実行でき、システム・ナビゲータで実行できるすべての作業は、アプリケーション・ナビゲータでも実行できますが、それぞれのナビゲータのフォーカスは異なります。システム・ナビゲータは、ファイルおよびディレクトリについてプロジェクトを編成します。アプリケーション・ナビゲータは、上位レベルの論理コンポーネントについてプロジェクトを編成します。システム・ナビゲータはファイル・エクスプローラです。アプリケーション・ナビゲータはアプリケーション・エクスプローラです。この2つのナビゲータは異なる開発パラダイムに従っていますが、一方のナビゲータで行われる処理はもう一方のナビゲータに反映されます。
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