Conda環境の使用

前提条件

conda環境を使用してEmbedded R Execution REST APIを実行するには、OML4Rスクリプト・リポジトリで実行するRスクリプトを保存するか、他のユーザーからRスクリプトを付与する必要があります。また、ADMINユーザーがconda環境を作成してオブジェクト・ストレージにアップロードする必要もあります。

例で使用される環境

環境の作成および管理にはADMINユーザーが必要です。次では、Rバージョン4.0.5に基づいてmyrenv環境を作成し、PDBに所有されているオブジェクト・ストレージにそれをアップロードします。データ・ビジュアライゼーション・パッケージggplot2が環境にインストールされます。ggplot2パッケージでは、チャネルconda-forgeが使用されます。

create -n myrenv -c conda-forge r-base=4.0.5 r-ggplot2 
upload myrenv -t application OML4R

トークンの取得

Oracle Machine Learning User Management Cloud Service RESTエンドポイント/oauth2/v1/tokenを使用して、アクセス・トークンのデータベース・ユーザー資格証明を交換します。詳細は、認証を参照してください。

$ curl -X POST --header 'Content-Type: application/json' --header 'Accept:
application/json'
-d '{"grant_type":"password", "username":"'${username}'", "password":"'${password}'"}'
"<oml-cloud-service-location-url>/omlusers/api/oauth2/v1/token"

一部のスクリプトで使用されるデータ

表作成

次のRコードでは、一部のスクリプトで使用されるデータを含む、IRIS表を作成します。

%r

ore.create(iris, table = 'IRIS')
ore.sync(table = "IRIS")
dim(IRIS)

スクリプト作成

test_ggplot2_noinp

このスクリプトでは、ggplot2ライブラリがインポートされ、分布図が作成されます。次では、スクリプトを定義し、スクリプト・リポジトリに格納します。

begin
  sys.rqScriptCreate('test_ggplot2_noinp',
    'function() {
      library(ggplot2);
      mtcars$gear <- factor(mtcars$gear,levels=c(3,4,5),
      labels=c("3gears","4gears","5gears"));
      gf <- qplot(mpg, data=mtcars, geom="density",
      fill=gear, alpha=I(.5), main="Distribution of Gas Milage",
      xlab="Miles Per Gallon", ylab="Density");
      plot(gf);
      res <- "hello world"
      res
  }',FALSE,TRUE);
end;
/

次のcURLコマンドは、Embedded R ExecutionのREST APIを使用して、ユーザーのOML4Rスクリプト・リポジトリに保存されたスクリプトtest_ggplot2_noinpを実行します。conda環境名パラメータenvNameはmyrenvに設定され、スクリプトによってイメージが返されるため、graphicsFlagはtrueに設定されます。

curl -i -k -X POST --header "Authorization: Bearer ${token}" --header 'Content-Type: application/json' --header 'Accept: application/json' 
-d '{"envName": "r-env", "graphicsFlag": true}' "<oml-cloud-service-location-url>/oml/api/r-scripts/v1/do-eval/test_ggplot2_noinp"

出力には、PNGイメージとスクリプトによって返されるデータの両方が含まれます。

{
 "result":[
   {
    "IMAGE":"VJ3W6Y29saMw...................AAAABJRU5ErkJggg==",
    "DATA":"\"hello world\"",
    "ID":1
   }
  ]
}

test_ggplot2_inp

このスクリプトでは、ggplot2ライブラリがインポートされ、入力データで柱状グラフが作成されます。次では、スクリプトを定義し、スクリプト・リポジトリに格納します。

begin
  sys.rqScriptCreate('test_ggplot2_inp',
    'function(dat) {
      library(ggplot2);
      histogram <- ggplot(data=dat, aes(x=Sepal.Width)) +
      geom_histogram(binwidth=0.2, color="black", aes(fill=Species)) +
      xlab("Sepal Width") + ylab("Frequency") + ggtitle("Histogram of
      Sepal Width")
      plot(histogram);
      res <- "hello world"
      res
    }',FALSE,TRUE);
end;
/

次のcURLコマンドは、Embedded R ExecutionのREST APIを使用して、ユーザーのOML4Rスクリプト・リポジトリに保存されたスクリプトtest_ggplot2_inpを実行します。conda環境名パラメータenvNameはmyrenvに設定され、スクリプトによってイメージが返されるため、graphicsFlagはtrueに設定されます。

curl -i -k -X POST --header "Authorization: Bearer ${token}" --header 'Content-Type: application/json' --header 'Accept: application/json' -d '{"input": "IRIS", "envName": "myrenv", "graphicsFlag": true}' "<oml-cloud-service-location-url>/oml/api/r-scripts/v1/table-apply/test_ggplot2_inp"

出力には、PNGイメージとスクリプトによって返されるデータの両方が含まれます。

{
  "result":[
       [
        {
         "IMAGE":"To+O0X2umWN27mfWA......Q91XUfJggg==",
         "DATA":"\"hello world\"",
         "ID":1,
         "CHUNK":"1"
        }
      ],
  ]
}

test_ggplot2_idx

このスクリプトでは、ggplot2ライブラリがインポートされ、タイトル付きの柱状グラフが生成されます。次では、スクリプトを定義し、スクリプト・リポジトリに格納します。

begin
  sys.rqScriptCreate('test_ggplot2_idx',
    'function(idx) {
      library(ggplot2);
      row <- iris[idx,]
      histogram <- ggplot(data=row, aes(x=Sepal.Width)) +
      geom_histogram(binwidth=0.2, color="black", aes(fill=Species)) +
      xlab("Sepal Width") + ylab("Frequency") + ggtitle("Histogram of
      Sepal Width")
      plot(histogram);
      res <- "hello world"
      res
  }',FALSE,TRUE);
end;
/

次のcURLコマンドは、Embedded R ExecutionのREST APIを使用して、ユーザーのOML4Rスクリプト・リポジトリに保存されたスクリプトtest_ggplot2_idxを実行します。conda環境名パラメータenvNameはmyrenvに設定され、スクリプトによってイメージが返されるため、graphicsFlagはtrueに設定されます。

curl -i -k -X POST --header "Authorization: Bearer ${token}" --header 'Content-Type: application/json' --header 'Accept: application/json' 
-d '{"times": 2, "envName": "myrenv", "graphicsFlag": true}' "<oml-cloud-service-location-url>/oml/api/r-scripts/v1/index-apply/test_ggplot2_idx"

出力は、次のようなものです。

{
 "result":
   [
    [
     {
      "IMAGE":"iVBAElFTkS..................uQmCC",
      "DATA":"\"hello world\"",
      "TIME":"1",
      "ID":1
     }
    ],
    [
     {
      "IMAGE":"iVBORw................AElFTkSuQmCC",
      "DATA":"\"hello world\"",
      "TIME":"2",
      "ID":1
     }
    ]
 ]
}