3 オンプレミスOracle DatabaseへのOracle Machine Learning for RのRのインストール
この章では、オンプレミスOracle DatabaseにOML4RのRをインストールする方法について説明します。
この章には次のトピックが含まれます:
- オンプレミス・データベースの場合のRおよびOracle Machine Learning for Rについて
OML4Rを使用するには、サーバー・コンピュータ、およびサーバーとやりとりする各クライアント・コンピュータにRのインストールが必要です。 - LinuxへのOracle R Distributionのインストール
Oracle R DistributionをOracle LinuxおよびRedhat Enterprise Linuxにインストールする手順。 - クライアントでMKLを使用するためのOracle R Distributionの構成
LinuxクライアントでMKLを使用するようにOracle R Distributionを構成する手順。 - Oracle R Distributionのアンインストール
Oracle R Distributionをアンインストールする手順。
3.1 オンプレミス・データベースの場合のRおよびOracle Machine Learning for Rについて
OML4Rを使用するには、サーバー・コンピュータおよびサーバーと対話する各クライアント・コンピュータにRがインストールされている必要があります。
Rは、サード・パーティのオープン・ソース・ソフトウェアです。オープン・ソースRは、OracleライセンスではなくGNU General Public License (GPL)で管理されています。
ノート:
Rのバージョンは、サーバーと各クライアント・コンピュータで同じである必要があります。また、OML4Rのバージョンは、サーバーと各クライアント・コンピュータで同じである必要があります。- ROracleについて
ROracleは、RとOracle Databaseとの相互作用を可能にするオープン・ソースRパッケージです。 - Oracle R DistributionとOML4R
OML4Rは、オラクル社のRの無償版ディストリビューションであるOracle R Distributionと組み合せて使用することをお薦めします。
3.1.1 ROracleについて
ROracleは、RとOracle Databaseとの相互作用を可能にするオープン・ソースRパッケージです。
ROracleはオラクル社が保守およびサポートしています。
ROracleは、Oracle Machine Learning for Rで使用されるオープン・ソースのSupporting Packagesの1つです。Supporting Packagesについては、「オンプレミス・データベースの場合のOracle Machine Learning for Rのクライアントおよびサーバー・コンポーネント」で概要が示されており、表6-2に説明が示されています。
3.1.2 Oracle R DistributionとOML4R
OML4Rは、オラクル社のRの無償版ディストリビューションであるOracle R Distributionと組み合せて使用することをお薦めします。
OML4RでOracle R Distributionを使用すると、大きなメリットがあります。
Oracle R Distributionを使用するメリット
-
Oracle R Distributionは、OML4R向けのRのインストールを簡略化します。
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Oracle R Distributionは、Oracle Machine Learning、Oracle LinuxおよびOracle Big Data Applianceのお客様に対してサポートされています。
-
Linuxでは、Oracle R Distributionにより、Intel Math Kernel Library (MKL)との統合が簡略化されます。MKLによってRの数学的計算の多く(高度にベクトル化およびスレッド化された線形代数、高速フーリエ変換(FFT)、ベクトル演算関数、統計関数)のパフォーマンスが大幅に向上します。(「Linuxクライアント上のOracle R DistributionでのMKLサポートの有効化」を参照してください。)
3.2 LinuxへのOracle R Distributionのインストール
Oracle R DistributionをOracle LinuxおよびRedhat Enterprise Linuxにインストールする手順。
インストールを開始する前に、ご使用のLinuxのバージョンがOracle Machine Learning for Rでサポートされていることを確認してください(「オンプレミス・データベースの場合のOracle Machine Learning for Rのシステム要件」にあるプラットフォーム要件の表を参照)。次のコマンドを使用してLinuxのバージョンを確認できます。
# uname -r
ノート:
インターネットにアクセスできるOracle Linuxシステムでは、Oracle Linux Yum ServerからOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。
次の各項では、Oracle R Distributionのインストールについて説明します。
- YumまたはDnfを使用したOracle Linux 8へのOracle R Distributionのインストール
Oracleでは、dnfを使用してLinux 8にOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。 - Yumを使用したOracle LinuxへのOracle R Distributionのインストール
Linux 7へのOracle R Distributionのインストールには、yumを使用してください。 - RPMを使用したOracle LinuxへのOracle R Distributionのインストール
インターネットへのアクセスがないためにYumが使用可能でない場合は、RPMを直接インストールして手動で依存性を解決することもできます。 - Red Hat Enterprise LinuxへのOracle R Distributionのインストール
Red Hat LinuxシステムでOracle R Distribution RPMを再構築する手順。
3.2.1 YumまたはDnfを使用したOracle Linux 8へのOracle R Distributionのインストール
Oracleでは、Linux 8にdnfを使用してOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。
YumまたはDnfを使用してOracle Linux 8にOracle R Distributionをインストールするには:
-
rootでLinuxサーバーにログインして、
/etc/yum.repos.dディレクトリに変更します。# cd /etc/yum.repos.d -
dnfを使用して、Oracle Linux 8 yumリポジトリをインストールします。
dnf install oraclelinux-release-el8リポジトリoracle-linux-ol8.repoは/etc/yum.repos.dに保存されます。
-
Oracle Linux 8では、Oracle Linux 8のメイン・リポジトリに加えて、appstream、codereadybuilderおよびアドオンのリポジトリが必要です。テキスト・エディタで
oracle-linux-ol8.repoを開き、ol8_baseos_latest、o18_appstream、o18_ codereadybuilderおよびol8_addonsにenabled=1を指定します。-
baseos_latestリポジトリのセクションを見つけて、enabled=0をenabled=1に変更します。[ol8_baseos_latest] enabled=1次のような結果が表示されます。
[ol8_baseos_latest] name=Oracle Linux $releasever BaseOS ($basearch) baseurl=https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL8/baseos/latest/$basearch gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-oracle gpgcheck=1 enabled=1 -
appstreamリポジトリのセクションを見つけて、enabled=0をenabled=1に変更します。[ol8_appstream] enabled=1次のような結果が表示されます。
[ol8_appstream] name=Oracle Linux $releasever Application Stream ($basearch) baseurl=https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL8/appstream/$basearch gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-oracle gpgcheck=1 enabled=1 -
codereadybuilderリポジトリのセクションを見つけて、enabled=0をenabled=1に変更します。[ol8_codereadybuilder] enabled=1次のような結果が表示されます。
[ol8_codereadybuilder] name=Oracle Linux $releasever Code Ready Builder ($basearch) baseurl=https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL8/codeready/builder/$basearch gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-oracle gpgcheck=1 enabled=1 -
addonsリポジトリのセクションを見つけて、enabled=0をenabled=1に変更します。[ol8_addons] enabled=1次のような結果が表示されます。
[ol8_addons] name=Oracle Linux $releasever Add ons ($basearch) baseurl=https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL8/addons/$basearch/ gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-oracle gpgcheck=1 enabled=1
-
- rootとして、dnfコマンドを使用してLinux 8用のR-4.0.5をインストールします。
dnfコマンドを実行してRをインストールします。
.# dnf install R-4.0.5
ノート:
新しいOracle Linuxバージョンでは、yumパッケージ・マネージャがdnfパッケージ・マネージャに置き換えられました。
3.2.2 Yumを使用したOracle Linux 7へのOracle R Distributionのインストール
Linux 7へのOracle R Distributionのインストールには、yumを使用してください。
Yumを使用してOracle Linux 7にOracle R Distributionをインストールするには:
-
rootでLinuxサーバーにログインして、
/etc/yum.repos.dディレクトリに変更します。# cd /etc/yum.repos.d -
ディレクトリの内容をリストして、Oracle Linux 7のyumの構成ファイルが存在するかどうかを確認します。その構成ファイルの名前は
public-yum-ol7.repoです。Oracle Linux 7のyumの構成ファイルが存在しない場合は、Linuxプラットフォームで
wgetコマンドを実行することで、Oracle Public Yumからそれをダウンロードします。# wget https://public-yum.oracle.com/public-yum-ol7.repo -
テキスト・エディタで
public-yum-ol7.repoを開き、ol7_latest、ol7_addonsおよびol7_optional_latestにenabled=1を指定します。[ol7_latest] enabled=1 [ol7_addons] enabled=1 [ol7_optional_latest] enabled = 1Oracle R Distributionパッケージの場所は、
ol7_addonsで示されます。Oracle R Distribution RPMの依存性の場所はol7_latestで示され、いくつかの依存性はoptional_latestにあります。addonsリポジトリ内のOracle R Distribution RPMのURLは、このトピックの最後にある例で示されています。
ノート:
最新バージョンのOracle Linuxを使用しておらず、使用しているバージョン固有の依存パッケージをインストールする場合は、該当するOracle Linuxリポジトリを有効にする必要があります。
たとえば、Oracle Linux 7ベース・リポジトリを有効にするには、テキスト・エディタで
public-yum-ol7.repoを開き、ol7_latestにenabled=1を指定します。[ol7_base] enabled=1出力は次のようになります:
[ol7_base] name=Oracle Linux $releasever installation media copy ($basearch) baseurl=https://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/ base/$basearch/ gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-oracle gpgcheck=1 enabled=1 -
yuminstallコマンドを実行してRをインストールします。インストールするバージョン番号を、Rversionに指定します。たとえば、R-3.6.1をインストールするには、コマンドyum install R-3.6.1を使用します。# yum install R-RversionOracle Public Yumで入手可能な最新バージョンのRをインストールするには:
# yum install R.x86_64ノート:
Oracle Public Yumの最新バージョンのRが、ご使用のOracle Machine Learning for Rのバージョンではサポートされていない場合があります。「オンプレミス・データベースの場合のOracle Machine Learning for Rのシステム要件」にある構成要件およびサーバー・サポートの表を参考にして、使用するRのバージョンを判断します。
3.2.3 RPMを使用したOracle LinuxへのOracle R Distributionのインストール
インターネットへのアクセスがないためにYumが使用可能でない場合は、RPMを直接インストールして手動で依存性を解決することもできます。
ただし、YumによりRPM依存性が自動的に解決されるため、Yumを使用してOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。
RPMをダウンロードしインストールするには、rootとしてログインして、次の各項でリストされているRPMごとにコマンドrpm -Uvh rpm_nameを実行します。
- Oracle Linux 8向けのOracle R Distribution 4.0.5 RPM
Oracle Linux 8向けのOracle R Distribution RPMをリストします。 - Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution 4.0.5 RPM
Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution RPMをリストします。 - Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution 3.6.1 RPM
Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution RPMをリストします。 - Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution 3.3.0 RPM
Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution RPMをリストします。
3.2.3.1 Oracle Linux 8向けのOracle R Distribution 4.0.5 RPM
Oracle Linux 8向けのOracle R Distribution RPMをリストします。
Oracle Linux 8向けのOracle R Distribution RPMは次のようにリストされています。
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL8/addons/x86_64/getPackage/R-4.0.5-1.0.1.el8.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL8/addons/x86_64/getPackage/R-core-4.0.5-1.0.1.el8.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL8/addons/x86_64/getPackage/R-devel-4.0.5-1.0.1.el8.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL8/addons/x86_64/getPackage/libRmath-4.0.5-1.0.1.el8.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL8/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-4.0.5-1.0.1.el8.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL8/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-4.0.5-1.0.1.el8.x86_64.rpm3.2.3.2 Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution 4.0.5 RPM
Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution RPMをリストします。
Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution RPMは次のようにリストされています。
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-4.0.5-1.el7.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-core-4.0.5-1.el7.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-devel-4.0.5-1.el7.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-4.0.5-1.el7.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-4.0.5-1.el7.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-4.0.5-1.el7.x86_64.rpm3.2.3.3 Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution 3.6.1 RPM
Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution RPMをリストします。
Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution RPMは次のようにリストされています。
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-3.6.1-1.el7.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-core-3.6.1-1.el7.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-devel-3.6.1-1.el7.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-3.6.1-1.el7.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-3.6.1-1.el7.x86_64.rpm
https://yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-3.6.1-1.el7.x86_64.rpm3.2.3.4 Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution 3.3.0 RPM
Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution RPMをリストします。
Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution RPMは次のようにリストされています。
https://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm https://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-core-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm https://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-core-extra-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm https://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-devel-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm https://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm https://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm https://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm
3.2.4 Red Hat Enterprise LinuxへのOracle R Distributionのインストール
Red Hat LinuxシステムでOracle R Distribution RPMを再構築する手順。
Oracle Linux RPMは、Red Hat Linuxシステムにインストールできます。ただし、Red Hat LinuxシステムでOracle R Distribution RPMを再構築する場合は、次の手順に従います。
Oracle R DistributionをRed Hat Enterprise Linuxにインストールするには:
-
RPMビルドのディレクトリ構造を作成します。
mkdir -p /rpmbuild/{BUILD,RPMS,SOURCES,SPECS,SRPMS} -
(
rootを避けるため)専用のビルド・ツリーを使用するようにRPMツールを設定します。echo '%_topdir %(echo $HOME)/rpmbuild' > /.rpmmacros
-
Oracle public yumから、ソースRPM (
Rversion.olx.src.RPM(Rversionは使用しているRバージョン、xは使用しているOracle Linuxバージョン))をダウンロードします。ソースRPMを、
rpmbuild/SRPMSディレクトリに保存します。 -
rpmbuildを使用してRed Hat Enterprise Linuxをリビルドします。rpmbuild --rebuild /rpmbuild/SRPMS/R-Rversion.elx.src.rpm
ノート:
欠落している依存関係がある場合は、rootでインストールします。
バイナリのRPMがビルドされて
/rpmbuild/RPMSに保存されます。 -
rootとしてログインし、次のコマンドを実行してRをインストールします:
# rpm -i path/rpmbuild/RPMS/R-Rversion.olx.x86_64.rpm # rpm -i path/rpmbuild/RPMS/R-core-Rversion.olx.x86_64.rpm # rpm -i path/rpmbuild/RPMS/libRmath-Rversion.olx.x86_64.rpm # rpm -i path/rpmbuild/RPMS/libRmath-devel-Rversion.olx.x86_64.rpm # rpm -i path/rpmbuild/RPMS/libRmath-static-Rversion.olx.x86_64.rpm # rpm -i path/rpmbuild/RPMS/R-devel-Rversion.olx.x86_64.rpmたとえば、次のコマンドでは、R-4.0.5がRed Hat Enterprise Linux x86-64バージョン7にインストールされます(ここでは、
rpmbuildのパスは/user/home/)。rpm -i /user/home/rpmbuild/RPMS/x86_64/R-core-4.0.5-1.el7.x86_64.rpm
3.3 クライアントでMKLを使用するためのOracle R Distributionの構成
LinuxクライアントでMKLを使用するようにOracle R Distributionを構成する手順。
この簡単な構成ステップを使用すると、Oracle R Distributionは、システムにMKLがインストールされている場合は動的にMKLを使用します。
このトピックには次の項が含まれます:
- Linuxクライアント上のOracle R DistributionでのMKLサポートの有効化
Linuxクライアント上のOracle R DistributionでMKLを有効にするには、次のステップに従います。
3.3.1 Linuxクライアント上のOracle R DistributionでのMKLサポートの有効化
Linuxクライアント上のOracle R DistributionでMKLを有効にするには、次のステップに従います。
-
MKLをインストールします。MKLは、Intel® Math Kernel LibraryのWebサイトからダウンロードできます。
ノート: コンピュータにMKLをインストールするには、MKLのライセンスが必要です。
-
LD_LIBRARY_PATHシステム環境変数に、libmkl_rt.so、$RHOME/libおよび$ORACLE_HOME/libを追加します。たとえば、Bashシェルでは次のように指定します。export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}: /path_to/libmkl_rt.so: ${RHOME}/lib: ${ORACLE_HOME}/lib -
Rを起動し、次のように
Sys.BlasLapack関数を実行します:Sys.BlasLapack() $vendor [1] "Intel Math Kernel Library (Intel MKL)" $nthreads [1] -1
$vendorから返された値は、MKLがRに固有のBLASおよびLAPACKを置き換えたことを示します。
nthreadsから返された値は、MKLが使用するスレッドの数を示します。デフォルトでは、使用可能なすべてのスレッドが使用されます($nthreads= -1)。
3.4 Oracle R Distributionのアンインストール
Oracle R Distributionのアンインストールの手順。
Oracle R Distributionをアンインストールするには、次の各項の手順に従います。
- LinuxでのOracle R Distributionのアンインストール
LinuxでOracle R Distributionをアンインストールする手順。
3.4.1 LinuxでのOracle R Distributionのアンインストール
LinuxでOracle R Distributionをアンインストールする手順。
Oracle R DistributionをLinuxからアンインストールするには、rootとしてログインし、この例のコマンドを、示されている順序で実行します。この例では、R-4.0.5をアンインストールします。異なるバージョンのRをアンインストールするには、例のRのバージョンを、アンインストールするバージョン番号に置き換えます。
例3-1 Oracle R Distributionのアンインストール用のLinuxコマンド
rpm -e rpmnameコマンドを実行します。ここでのrpmnameは、削除するRPMの名前です。
たとえば、R-4.0.5をOracle Linux 7から削除するには:
rpm -e R-4.0.5-1.el7
rpm -e R-devel
rpm -e R-core
rpm -e R-core-extra
rpm -e libRmath-devel
rpm -e libRmath
rpm -e libRmath-static