B.1 Rパッケージのインストールの基本
Rパッケージは、Rコマンドラインまたはシステムのコマンドラインからインストールできます。
Rパッケージのインストールの基本は、Rインストレーションおよび管理ガイドの第6章で説明されています。次の例では、Oracle R Distributionを使用してパッケージをOracle Linuxにインストールします。すべてのユーザーがアクセス可能なRシステム全体のデフォルトの場所(/usr/lib64/R/library
)にパッケージがインストールされるように、arules
パッケージをrootとしてインストールします。
R内でinstall.packages
関数を使用すると、常に、リクエストされたパッケージの、CRANで使用できる最新バージョンのインストールが試行されます。
R> install.packages("arules")
arules
パッケージが、ローカルにインストールされていない他のパッケージに依存する場合は、Rインストーラは、これらの必要なパッケージを自動的にダウンロードしてインストールします。これにより、ユーザーがこれらの依存性を特定して解決する必要がなくなることは、非常に大きい利点となります。
また、シェル・コマンドラインからRをインストールすることもできます。このことは、インターネット接続を使用できない場合や、CRANにアップロードされていないパッケージをインストールする場合に、一部のパッケージで役立ちます。この方法でパッケージをインストールするには、まずCRANでパッケージを探して、ローカル・マシンにパッケージ・ソースをダウンロードします。たとえば:
$ wget https://cran.r-project.org/src/contrib/arules_1.1-9.tar.gz
次に、コマンドR CMD INSTALL
を使用してパッケージをインストールします。
$ R CMD INSTALL arules_1.1-9.tar.gz
Rパッケージ・インストーラを使用してRパッケージをインストールする場合のRコマンドラインとシェル・コマンドラインの主な違いは、シェル・コマンドラインではパッケージの依存性を手動で解決する必要があるということです。パッケージの依存性は、パッケージのCRANサイトの依存セクションにリストされています。パッケージをインストールする前に依存性を特定しないでインストールすると、次のようなエラーが発生します。
ERROR: dependency 'xxx' is not available for package 'yyy'
ベスト・プラクティスとして、および時間を節約するために、インストールを試行する前に、常に、パッケージのCRANサイトを参照してパッケージの依存性を理解してください。
Rをrootとして実行しない場合は、デフォルトのシステム全体の場所にパッケージを書き込む権限がないため、自分のユーザーIDでアクセスできる個人用ライブラリを作成するよう求められます。Rに選択された個人用ライブラリ・パスを受け入れるか、install.packages
関数にパラメータを渡すことによってライブラリの場所を指定できます。たとえば、ホーム・ディレクトリにRパッケージ・リポジトリを作成するには、次の手順を実行します。
R> install.packages("arules", lib="/home/username/Rpackages")
または
$ R CMD INSTALL arules_1.1-9.tar.gz --library=/home/username/Rpackages
コマンドライン・オプションをすべて示すリストを確認するには、R内のinstall.packages
ヘルプ・ファイルを参照するか、シェル・コマンドラインでR
CMD
INSTALL --help
を実行します。
ライブラリの場所を設定して、これをパッケージのインストールで毎回指定する必要がないようにするには、単に、ホーム領域にRの起動環境ファイル.Renviron
を作成して(存在しない場合)、次のコードを追加します。
R_LIBS_USER = "/home/username/Rpackages"
親トピック: Rパッケージのインストールのヒント