Mit dem Prozess "Anwendungsordner verwalten" werden Dateien aus den Ordnerverzeichnissen inbox, outbox und data gelöscht. In Oracle Hyperion Financial Data Quality Management, Enterprise Edition sind für jeden Ordner separate Parameter für die Aufbewahrungsdauer in Tagen verfügbar. Wenn der Wert für einen bestimmten Ordner nicht angegeben wird, wird der Ordner von FDMEE übersprungen.
Außerdem überprüft FDMEE die Unterverzeichnisse inbox und outbox in den entsprechenden Ordnern und löscht alle Dateien. Im Unterverzeichnis data überspringt FDMEE das Verzeichnis scripts, da es die Kundenskripte enthält.