Las aplicaciones de escritorio están perfectamente integradas en Java Desktop System, lo que permite la interoperabilidad entre las aplicaciones. Entre las funciones de interoperabilidad se incluyen las siguientes:
Arrastrar y copiar o pegar texto, gráficos y otros elementos entre las aplicaciones
Selección de impresora universal entre las impresoras disponibles en la red para incluir impresoras que pertenezcan a redes con Windows
Único punto de entrada para el directorio, la gestión de archivos y los equipos en red
Acceso directo al contenido de los datos y los archivos haciendo clic una sola vez en los archivos incluidos en los correos electrónicos, las páginas web y el gestor de archivos