Utöver interoperabiliteten mellan program på skrivbordet tillhandahåller Java Desktop System även interoperabilitet på företagsnivå. Bland funktionerna märks följande:
Användare kan komma åt data, filer och skrivare från både Windows- och UNIX-miljöer.
Systemet kan ansluta till befintliga backendsystem, bl.a. Sun Java System kalender- och meddelandeservrar och e-postservrarna Active Directory, POP3, LDAP och SMTP.
Mer information om skrivbordet finns i Användarhandbok för Java Desktop System, version 3. Om du vill ha mer information om de program som är inkluderade i Java Desktop System, öppnar du Hjälp på skrivbordet och väljer program i navigationsfönstret.