Skrivbordsprogrammen är ordentligt integrerade i Java Desktop System vilket underlättar interoperationer mellan program. Bland interoperabilitetsfunktionerna märks följande:
Dra-och-släpp, kopiera och klistra in text, grafik och andra element mellan program
Universellt val av skrivare som är tillgängliga i nätverket så att skrivare på Windows-nätverk inkluderas
En enda startpunkt för katalog- och filhantering och nätverksdatorer
Direkt åtkomst till innehåll i data och filer genom att start med enkelklickning används för filer i e-post, på webbsidor och i filhanteraren