Java Desktop System innehåller ett intuitivt skrivbordsgränssnitt tillsammans med bekanta skrivbordsteman och filhanterarvyer, vilket underlättar för användare att arbeta effektivt. Bland de andra funktionerna i användargränssnittet märks följande:
Lätt att lära sig och använda, speciellt för användare med Windows-vana:
Bekanta skrivbordsteman för filhantering och skrivbordskonfiguration
Följer standardkonventionerna för kortkommandon
Direktåtkomst till filer och servrar som använder katalogerna ”Dokument” och ”Nätverksplatser”
Bekant åtkomst till nätverksanslutna datorer från en enda ”Nätverksplatser”-katalog
Omfattande användardokumentation och hjälp