デスクトップアプリケーションは Java Desktop System 内に整然と統合化されており、アプリケーション間における高い相互運用性が実現されています。相互運用性に関する特徴としては、次のものが挙げられます。
アプリケーション間におけるテキスト、グラフィック、その他の要素のドラッグ&ドロップ、コピー、またはペースト
ネットワーク上で利用可能なプリンタの汎用的な選択方法 (Windows ネットワーク上のプリンタにも対応)
ディレクトリおよびファイル管理用およびネットワークコンピュータ用の単一エントリポイント
電子メール、Web ページ、およびファイルマネージャに含まれるデータやファイルの内容への、シングルクリックアプリケーション起動による直接アクセス