ユーザー環境設定ツール wnnenvutil は、コマンドラインから起動します。
X Window System を起動し、ターミナルエミュレータ上からコマンド実行してください。
$ wnnenvutil
ユーザー環境設定ツールで変更した設定内容は、各設定ファイルには保存されますが稼動中のクライアントにまでは反映されません。
設定変更後は各クライアントを再起動するか、wnn8le の場合はメニューより「設定反映」を実行してください。