Avec ZFS, toutes les données et métadonnées sont vérifiées selon un algorithme de somme de contrôle sélectionné par l'utilisateur. Les systèmes de fichiers classiques fournissant le contrôle de sommes l'effectuaient par bloc, en raison de la couche de gestion de volumes et de la conception classique de système de fichiers. Le terme classique signifie que certaines pannes, comme l'écriture d'un bloc complet dans un emplacement incorrect, peuvent entraîner des incohérences dans les données, sans pour autant entraîner d'erreur dans les sommes de contrôle. Les sommes de contrôle ZFS sont stockées de façon à détecter ces pannes et à effectuer une récupération de manière appropriée. Toutes les opérations de contrôle de somme et de récupération des données sont effectuées sur la couche du système de fichiers et sont transparentes aux applications.
De plus, ZFS fournit des données d'autorétablissement. ZFS assure la prise en charge de pools de stockage avec différents niveaux de redondance de données. Lorsqu'un bloc de données endommagé est détecté, ZFS récupère les données correctes à partir d'une autre copie redondante et répare les données endommagées en les remplaçant par celles de la copie.