ネイティブの Solaris アプリケーションは、-lthread を使用してリンクしてください。そのようにしないと、不正な動作をすることがあります。
JNI を使用するネイティブアプリケーションをリンクするときは、libc.so ライブラリ (-lc オプション) の前に libthread.so ライブラリ (-lthread オプション) を指定する必要があります。Sun C コンパイラの -mt オプションは、-lthread オプションを自動的に追加します。一般的に -lc オプションは指定しません (デフォルトでリストの末尾になります)。このため、Sun のコンパイラやリンカを使用するときは、かならず -mt または -lthread オプションを指定しなければなりません。