入力ファイルは主サーバーの /etc ディレクトリか、その他のディレクトリに置かれます。/etc に置くのは望ましくありません。マップの内容が、主サーバーのローカルファイルの内容と同じになるからです。これは passwd と shadow のファイルに特有の問題です。ユーザー全員が主サーバーのマップにアクセスして、passwd マップを通じて YP クライアントのすべてにルートのパスワードが渡されるためです。この詳細は、「passwd ファイルと名前空間のセキュリティ」を参照してください。
他のディレクトリにソースファイルを置く場合に、your-choice がソースファイルの格納に使用するディレクトリの名前であるときは、/var/yp 内の Makefile を修正して、DIR=/etc 行を DIR=/your-choice に変更する必要があります。これによって、クライアント上のファイルのようにサーバー上のローカルファイルを取り扱うことができます。(Makefile を編集する前に、編集前の Makefile を別の名前のファイルに保存しておいた方がいいでしょう。)