Auf Solaris und Linux ist Java Enterprise System mit Java SE 5.0 Update 9 (1.5.0_09) 5.0 Update 12 (1.5.0_12) zertifiziert. Darüber hinaus ist es mit Java SE 6 für alle Komponenten (außer High Availability Session Store, HADB) zertifiziert. Auf HP-UX ist Java Enterprise System mit Java SE 5.0 Update 3 (1.5.0_03) zertifiziert und enthält dieses. Auf Windows ist Java Enterprise System mit Java SE 5.0 Update 12 (1.5.0_12) zertifiziert und enthält dieses.
Darüber hinaus sind die folgenden Komponenten mit Java SE 1.4.2 kompatibel:
Gemeinsam genutzte Komponenten
Endbenutzer-Client-Anwendungen
Öffentliche Java-APIs
Spezifische Komponenten können zusätzliche Versionen von Java SE unterstützen oder mit bestimmten Java SE-Versionen Kompatibilitätsprobleme haben. Weitere Informationen dazu finden Sie in den Versionshinweisen der betreffenden Komponente.