Il CDE permette di leggere e scrivere file dei seguenti formati:
DOS alta densità (normalmente usato dai PC con Windows o DOS)
NEC-DOS media densità (talvolta utilizzato dai vecchi PC)
UNIX (versione Solaris, usato dal CDE eseguito su workstation SPARC)
UNIX (versione x86, usato dal CDE eseguito su workstation x86)
Il CDE supporta i formati DOS High Density e NEC-DOS Medium Density sia su sistemi SPARC che su sistemi X86, ma per il formato UNIX valgono le seguenti restrizioni:
Le workstation SPARC non possono leggere o scrivere i dischetti formattati come "UNIX" su un sistema x86
Le workstation X86 non possono leggere o scrivere i dischetti formattati come "UNIX" su un sistema SPARC
Se occorre utilizzare gli stessi dischetti su sistemi SPARC e x86, usare il formato DOS High Density.