GTK+2 アプリケーションと日本語入力方式で同じキーをそれぞれの処理に割り当てている場合、GTK+2 アプリケーションが日本語入力方式より先にキーイベントを取得します。たとえば、gnome-terminal 上で ATOK12 を利用しているとき、F10 キーを入力しても ATOK12 の文字入力モードが変更せず、gnome-terminal のメニューバーのファイルが表示されます。
回避方法: 重複するキーがある場合は、日本語入力方式のキーバインドを変更してください。