Lors du démarrage du serveur, ce dernier vérifie la version de Message Queue. Si la version Message Queue est incorrecte, le serveur effectue alors sa mise à niveau à l'aide de imqjmsra.jar. Ceci met JAR à niveau et ses classes ne seront pas accessibles au serveur avant le prochain redémarrage. Cette situation se produit uniquement si Message Queue est mis à niveau seul, ou si l'on applique un patch au serveur d'application seul. Cette situation peut parfois entraîner l'effet secondaire suivant : le serveur ne démarre pas.
Message Queue et Enterprise Server doivent être maintenus au même niveau de patch, ou bien il faut redémarrer le serveur.