問題  

前述の「ATOK X AUX 機能が動作しない」に記載されている方法で AUX を使えるようにした場合、mozilla のツール (Navigator や Composer など) 上で、テキストの一部を変換候補ウィンドウを使用して確定すると、編集画面上で残りの未確定文字が消えてしまいます。 

解決方法  

未確定文字は、見た目上消えているだけなので、空白キーなどで再び表示させたり、Enter キーで確定することができます。