Messaging Server ofrece compatibilidad para el archivado de mensajes con las soluciones Sun Content Management y Sun Compliance and Content Management Un sistema de archivos guarda todos o algunos de los subgrupos de mensajes entrantes y salientes en un sistema independiente de Messaging Server. Los mensajes enviados, recibidos, eliminados y trasladados pueden guardarse y recuperarse en un sistema de archivos. Los usuarios del correo electrónico no pueden modificar ni eliminar los mensajes archivados, por lo que se conserva la integridad de los mensajes entrantes y salientes. El archivado de mensajes es útil para mantener los registros reglamentarios, gestionar el almacén de mensajes y hacer copias de seguridad de los mensajes. See Message Archiving Using the Sun Compliance and Content Management Solution for more information.
Aunque el archivado está documentado, esta función está desactivada hasta la versión Sun Java System Messaging Server 6.3 Parche 1.