Si presume che i valori delle ipotesi siano indipendenti. Crystal Ball genera numeri casuali per ogni ipotesi indipendentemente dalle modalità di generazione dei numeri casuali per altre ipotesi. Nei sistemi modellati, tuttavia, le variabili sono spesso legate da relazioni di dipendenza.

Per modellare tali relazioni di dipendenza, è possibile definire correlazioni tra coppie di ipotesi. Tali relazioni sono descritte in termini matematici utilizzando un coefficiente di correlazione, costituito da un numero da -1,0 a +1,0, che misura la forza della relazione. Un valore positivo indica che quando aumenta il valore di una delle ipotesi, aumenta verosimilmente anche il valore dell'altra. Un valore negativo indica che le ipotesi sono legate da una relazione inversa, pertanto quando aumenta il valore di un'ipotesi diminuisce verosimilmente quello dell'altra.

Per linee guida, istruzioni e ulteriori informazioni sull'utilizzo di matrici collegate e non collegate, fare riferimento agli argomenti elencati in precedenza e alla sezione Appendice B, Correlazione di ipotesi.