6.1.5 埋込みRの実行で使用するためのサード・パーティのパッケージのインストール

埋込みRの実行では、Oracle Databaseサーバーで実行されるユーザー定義のR関数で、CRANまたは他のサード・パーティのパッケージを使用できます。埋込みRの実行でサード・パーティのパッケージを使用するには、そのパッケージをデータベース・サーバーにインストールする必要があります。埋込みRの実行用のRインタフェースでこのパッケージを使用する場合は、パッケージをクライアントにもインストールする必要があります。非互換性を回避するために、クライアント・マシンとサーバー・マシンの両方に同じバージョンのパッケージをインストールする必要があります。

Oracle Database管理者(DBA)は、埋込みR関数またはすべてのRユーザーが使用できるようにパッケージをデータベース・サーバーにインストールできます。DBAは、パッケージを1つまたは複数のデータベース・サーバーにインストールできます。

通常、DBAは次の手順を実行します。

CRANからパッケージをダウンロードしてインストールします。CRANからパッケージをダウンロードするには、インターネット接続が必要です。
サーバーで稼働するOracle R Enterpriseセッションで、パッケージをロードします。パッケージ内の関数を使用して、パッケージが正しくインストールされていることを確認します。

1つのデータベース・サーバーにパッケージをインストールするには、次のいずれかを実行します。

サーバーで稼働するOracle R Enterpriseセッションで、例6-1に示すようなinstall.packages関数を呼び出します。この関数によって自動的にパッケージがダウンロードされ、依存性がインストールされます。
wgetを使用してCRANからパッケージ・ソースをダウンロードします。このパッケージが、使用されているR Distribution内にないパッケージのいずれかに依存している場合は、それらのパッケージもダウンロードします。

オペレーティング・システムのコマンドラインからORE CMD INSTALLコマンドを使用して、このパッケージをOracle R Enterpriseパッケージと同じ場所($ORACLE_HOME/R/library)にインストールします。詳細は、例6-2を参照してください。

パッケージおよび依存パッケージをOracle Real Application Clusters (Oracle RAC)や複数ノードのOracle Exadataデータベース・マシン環境などの複数のデータベース・サーバーにインストールする場合は、例6-3に示すように、Exadata Distributed Command Line Interface (DCLI)ユーティリティを使用します。DCLIを使用してパッケージをインストールする手順の詳細は、『Oracle R Enterpriseインストレーションおよび管理ガイド』を参照してください。

パッケージが正しくインストールされたことを確認するには、例6-4に示すように、パッケージをロードしてパッケージ内の関数を使用します。

例6-1 Oracle R Enterpriseセッションでの単一データベースへのパッケージのインストール

この例では、install.packages関数を呼び出して、CRANからC50パッケージをダウンロードし、インストールします。C50パッケージには、C5.0ディシジョン・ツリーおよびパターン認識用のルールベース・モデルを作成するための関数が含まれています。

この例の出力は示されていませんが、例6-2のORE CMD INSTALLコマンドの出力とほとんど同じです。

install.packages("c50")

例6-2 コマンドラインからの単一データベースへのパッケージのインストール

この例では、LinuxコマンドラインからORE CMD INSTALLを使用して、CRANからC50パッケージをダウンロードし、インストールする方法を示します。

wget http://cran.r-project.org/src/contrib/C50_0.1.0-19.tar.gz
ORE CMD INSTALL C50_0.1.0-19.tar.gz

例6-2のリスト

$ wget http://cran.r-project.org/src/contrib/C50_0.1.0-19.tar.gz
# The output of wget is not shown.
$ ORE CMD INSTALL C50_0.1.0-19.tar.gz
* installing to library '/example/dbhome_1/R/library'
* installing *source* package 'C50' ...
** package 'C50' successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c attwinnow.c -o attwinnow.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c classify.c -o classify.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c confmat.c -o confmat.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c construct.c -o construct.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c contin.c -o contin.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c discr.c -o discr.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c formrules.c -o formrules.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c formtree.c -o formtree.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c getdata.c -o getdata.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c getnames.c -o getnames.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c global.c -o global.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c hash.c -o hash.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c hooks.c -o hooks.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c implicitatt.c -o implicitatt.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c info.c -o info.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c mcost.c -o mcost.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c modelfiles.c -o modelfiles.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c p-thresh.c -o p-thresh.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c prune.c -o prune.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c rc50.c -o rc50.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c redefine.c -o redefine.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c rsample.c -o rsample.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c rulebasedmodels.c -o rulebasedmodels.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c rules.c -o rules.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c ruletree.c -o ruletree.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c siftrules.c -o siftrules.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c sort.c -o sort.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c strbuf.c -o strbuf.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c subset.c -o subset.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c top.c -o top.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c trees.c -o trees.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c 
update.c -o update.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c utility.c -o utility.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DNDEBUG -I/usr/local/include   -ffloat-store -g -fpic  -g -O2  -c xval.c -o xval.o
gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o C50.so attwinnow.o classify.o confmat.o construct.o contin.o discr.o formrules.o formtree.o getdata.o getnames.o global.o hash.o hooks.o implicitatt.o info.o mcost.o modelfiles.o p-thresh.o prune.o rc50.o redefine.o rsample.o rulebasedmodels.o rules.o ruletree.o siftrules.o sort.o strbuf.o subset.o top.o trees.o update.o utility.o xval.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
installing to /example/dbhome_1/R/library/C50/libs
** R
** data
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
  converting help for package 'C50'
    finding HTML links ... done
    C5.0                                    html  
    C5.0Control                             html  
    churn                                   html  
    predict.C5.0                            html  
    summary.C5.0                            html  
    varImp.C5.0                             html  
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (C50)

例6-3 DCLIを使用したパッケージのインストール

この例では、C50パッケージをインストールするためのDLCIコマンドを示します。dcli -gフラグはインストール先のノードのリストを含むファイルを指定し、-lフラグはコマンドの実行時に使用するユーザーIDを指定します。DCLIの使用方法の詳細は、『Oracle R Enterpriseインストレーションおよび管理ガイド』を参照してください。

dcli -g nodes -l oracle R CMD INSTALL C50_0.1.0-19.tar.gz

例6-4 C50パッケージ関数の使用方法

この例では、Rを起動し、サーバー上のOracle R Enterpriseに接続して、C50パッケージをロードし、パッケージ内の関数を使用する方法を示します。この例では、LinuxコマンドラインからOREコマンドを実行してRを起動します。また、Oracle R Enterpriseに接続して、C50パッケージをロードします。demo関数を呼び出して、パッケージ内のサンプル・プログラムを検索します。このパッケージにはサンプルが含まれていないため、この例ではC5.0関数のヘルプを取得します。このヘルプからサンプル・コードを呼び出します。

ORE

library(ORE)
ore.connect(user = "RQUSER", sid = "orcl", host = "myhost", 
            password = "rquserStrongPassword", port = 1521, all=TRUE)

library(C50)
demo(package = "C50")
?C5.0
data(churn)
treeModel <- C5.0(x = churnTrain[, -20], y = churnTrain$churn)
treeModel

例6-4のリスト

$ ORE

R> library(ORE)
Loading required package: OREbase
 
Attaching package: 'OREbase'
 
The following objects are masked from 'package:base':
 
    cbind, data.frame, eval, interaction, order, paste, pmax, pmin,
    rbind, table
 
Loading required package: OREembed
Loading required package: OREstats
Loading required package: MASS
Loading required package: OREgraphics
Loading required package: OREeda
Loading required package: OREmodels
Loading required package: OREdm
Loading required package: lattice
Loading required package: OREpredict
Loading required package: ORExml
 
> ore.connect(user = "RQUSER", sid = "orcl", host = "myhost", 
+             password = "rquserStrongPassword", port = 1521, all=TRUE)
Loading required package: ROracle
Loading required package: DBI
 
R> library(C50)
R> demo(package = "C50")
no demos found
R> ?C5.0     # Output not shown.
R> data(churn)
R> treeModel <- C5.0(x = churnTrain[, -20], y = churnTrain$churn)
R> treeModel
Call:
C5.0.default(x = churnTrain[, -20], y = churnTrain$churn)
 
Classification Tree
Number of samples: 3333 
Number of predictors: 19 
 
Tree size: 27 
 
Non-standard options: attempt to group attributes