同じ雇用関係からの承認待ちの辞職がある場合、その個人の雇用関係を終了することはできますか。

はい、できます。これは、会社都合の雇用関係の終了は特権トランザクションであり、自主的な雇用関係の終了(辞職)より優先されるためです。