A operação cec compile-template é uma aplicação NodeJS e é executada fora de qualquer browser. Uma vez que a página não é apresentada num browser, não existe nenhum objeto de DOM ou janela e as bibliotecas JavaScript do lado do cliente como JQuery, VueJS ou KnockoutJS não funcionarão.
Apesar de ser possível utilizar uma biblioteca como JSDOM para criar um objeto de DOM e executar essas bibliotecas do lado do cliente, existe mesmo assim uma pequena vantagem neste procedimento. Para uma simples análise de HTML, pode utilizar um analisador NodeJS HTML como o cheerio.
O HTML devolvido pela markup precisa de ser um HTML válido. Será transmitido através de um analisador e só o HTML analisado será acrescentado à página. Desta forma, está a confirmar que o HTML compilado não tem identificadores não correspondentes que poderiam criar a quebra de slots.