Рядом с именем файла указаны номера разных версий, но я загрузил только одну версию

Если файл хранится в общей папке, его могут изменить другие пользователи. Если другие пользователи внесли изменения и загрузили в папку свои версии файла, то сохраняется каждая из этих версий. Вы можете сравнить различные версии и решить, какую из них нужно оставить.