Я закрыл общий доступ к папке, и вложенные папки тоже стали недоступны

Если вы предоставили общий доступ к родительской папке, а затем изменили свое решение и исключили эту папку из общего доступа, все ранее доступные вложенные папки также будут закрыты от других пользователей.