| Oracle® R Enterpriseインストレーションおよび管理ガイド リリース1.3.1 for Windows, Linux, Solaris, and AIX E48234-03 |
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この章では、Oracle R Enterprise向けのRをインストールする方法について説明します。この章の内容は次のとおりです。
Oracle R Enterpriseでは、Oracle R Enterprise ServerがホストされているコンピュータおよびOracle R Enterprise Clientがホストされている各コンピュータにRをインストールする必要があります。サーバー上でOracle R Enterpriseを直接使用する場合は、必要なRのインストールは1つのみです。
Oracle R Enterprise ServerではOracle R Distributionの使用をお薦めします。Oracle R Distributionは、インストールを単純化し、依存関係を解決し、Intel Math Kernel Library (MKL)と容易に統合できるように構成されています。
Oracle R Distributionには次の利点があります。
Oracle R Distributionは、Oracle R Enterprise Serverコンポーネントで必要なフラグを設定してコンパイルされます。
Oracle R Distributionでは、MKLを使用し、x86ハードウェアにおける算術計算で高いパフォーマンスを発揮します。ライセンスされたMKLをインストールしている場合は、LD_LIBRARY_PATHパスを追加し、環境変数を1つ追加するだけでOracle R DistributionでMKLを使用できます。詳細は第3.6項を参照してください。
Oracle R Enterpriseでオープン・ソースRを使用できます。次のR構成パラメータを使用して、ソースからビルドします。
./configure --with-lapack --with-ICU=no --enable-R-shlib
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関連項目:
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RをLinuxにインストールするには、Oracle Public Yumサーバーの使用をお薦めします。Oracle Public Yumは次のURLにあります。
http://public-yum.oracle.com/
次のトピックで、LinuxシステムへのOracle R Distributionのインストール方法を説明しています。
Oracle R Distributionをインストールする前に、ご使用のOracle LinuxのバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認します。表1-1「Oracle R Enterpriseのプラットフォーム要件」を参照してください。
Yumを使用してOracle LinuxにOracle R Distributionをインストールするには、次の手順を実行します。
rootでLinuxサーバーにログインして、/etc/yum.repos.dディレクトリに移動します。
# cd /etc/yum.repos.d
次のコマンドを実行して、Oracle Public Yumからyum構成ファイルをダウンロードします。
# wget http://public-yum.oracle.com/public-yum-xxx.repo
構成ファイル名はpublic-yum-xxx.repoです(Oracle Linux 5の場合はxxxがel5、Oracle Linux 6の場合は0l6)。
注意: /etc/yum.dにyum構成ファイルがすでに存在している場合は、この手順をスキップします。
テキスト・エディタで構成ファイルを開いて、xxx_latestおよびxxx_addonsにenabled=1を指定します(xxxはLinuxのバージョンを表し、el5またはol6です)。
[xxx_latest] enabled=1 [xxx_addons] enabled=1
yum installコマンドを実行して、Rをインストールします。
R-2.15.3をインストールする場合:
# yum install R-2.15.3
Oracle Public Yumで入手可能な最新バージョンのRをインストールする場合:
# yum install R.x86_64
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重要: Oracle Public Yumの最新バージョンのRが、ご使用のOracle R Enterpriseのバージョンでサポートされているとはかぎりません。表1-2「Oracle R Enterprise Serverのサポート・マトリクス」を参照して、使用できるRのバージョンを判断してください。 |
Oracle R Distributionのインストールには、yumの使用をお薦めします。ただし、yumを使用できない場合は、RPMを使用してOracle R Distributionをインストールできます。
Oracle R Distributionをインストールする前に、ご使用のOracle LinuxのバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認します。表1-1「Oracle R Enterpriseのプラットフォーム要件」を参照してください。
Oracle Linux 5向けRPMをダウンロードおよびインストールするには、例3-1に示されているコマンドを実行します。Oracle Linux 6向けRPMをダウンロードおよびインストールするには、同じコマンドのel5をol6に置き換えて実行します。これらのRPMは、依存関係の解決が必要な場合があります。
# rpm -Uvh libXdmcp-devel-1.0.1-2.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh libXau-devel-1.0.1-3.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh R-2.15.3-1.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh chkfontpath-1.10.1-1.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh libfontenc-1.0.2-2.2.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh libRmath-devel-2.15.3-1.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh avahi-compat-libdns_sd-0.6.16-10.el5_6.x86_64.rpm # rpm -Uvh hicolor-icon-theme-0.9-2.1.noarch.rpm # rpm -Uvh libFS-1.0.0-3.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh paps-0.6.6-20.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh bzip2-devel-1.0.3-6.el5_5.x86_64.rpm # rpm -Uvh ttmkfdir-3.0.9-23.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh ed-0.2-39.el5_2.x86_64.rpm # rpm -Uvh zlib-1.2.3-7.el5.i386.rpm # rpm -Uvh zlib-1.2.3-7.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh desktop-file-utils-0.10-7.x86_64.rpm # rpm -Uvh xorg-x11-xfs-1.0.2-5.el5_6.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh poppler-utils-0.5.4-19.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh xorg-x11-font-utils-7.1-3.x86_64.rpm # rpm -Uvh R-devel-2.15.3-1.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh libgcc-4.1.2-54.el5.i386.rpm # rpm -Uvh libgcc-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh zlib-devel-1.2.3-7.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh libRmath-2.15.3-1.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh dialog-1.0.20051107-1.2.2.x86_64.rpm # rpm -Uvh pcre-devel-6.6-6.el5_6.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh dbus-python-0.70-9.el5_4.x86_64.rpm # rpm -Uvh cups-libs-1.3.7-30.el5_9.3.x86_64.rpm # rpm -Uvh gmp-4.1.4-10.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh atk-1.12.2-1.fc6.x86_64.rpm # rpm -Uvh libgfortran-4.1.2-52.el5_8.1.i386.rpm # rpm -Uvh libgfortran-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh libXfont-1.2.2-1.0.4.el5_7.x86_64.rpm # rpm -Uvh xorg-x11-proto-devel-7.1-13.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh avahi-0.6.16-10.el5_6.x86_64.rpm # rpm -Uvh libtiff-3.8.2-18.el5_8.x86_64.rpm # rpm -Uvh pango-1.14.9-8.0.1.el5_7.3.x86_64.rpm # rpm -Uvh bitstream-vera-fonts-1.10-7.noarch.rpm # rpm -Uvh libstdc++-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh libstdc++-4.1.2-54.el5.i386.rpm # rpm -Uvh cairo-1.2.4-5.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh mesa-libGL-devel-6.5.1-7.11.el5_9.x86_64.rpm # rpm -Uvh tetex-dvips-3.0-33.15.el5_8.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh libX11-devel-1.0.3-11.el5_7.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh ghostscript-fonts-5.50-13.1.1.noarch.rpm # rpm -Uvh tk-devel-8.4.13-5.el5_1.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh netpbm-10.35.58-10.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh tcl-devel-8.4.13-6.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh tcl-8.4.13-6.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh netpbm-progs-10.35.58-10.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh libstdc++-devel-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh libstdc++-devel-4.1.2-54.el5.i386.rpm # rpm -Uvh cpp-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh poppler-0.5.4-19.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh cups-1.3.7-30.el5_9.3.x86_64.rpm # rpm -Uvh gcc-gfortran-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh gcc-c++-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh tetex-latex-3.0-33.15.el5_8.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh urw-fonts-2.3-6.1.1.noarch.rpm # rpm -Uvh gcc-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh gtk2-2.10.4-29.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh mesa-libGL-6.5.1-7.11.el5_9.x86_64.rpm # rpm -Uvh tetex-3.0-33.15.el5_8.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh ghostscript-8.70-14.el5_8.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh tetex-fonts-3.0-33.15.el5_8.1.x86_64.rpm # rpm -Uvh R-core-2.15.3-1.el5.x86_64.rpm # rpm -Uvh libRmath-2.15.3-1.el5.x86_64.rpm
Oracle R Distributionをインストールする前に、ご使用のRed Hat Enterprise LinuxのバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認します。表1-1「Oracle R Enterpriseのプラットフォーム要件」を参照してください。
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注意: 次のインストール手順は、Red Hat Enterprise Linux 6に固有のものです。Red Hat Enterprise Linux 5の場合は、ol6をel5に変更します。 |
Oracle R DistributionをRed Hat Enterprise Linux 6にインストールするには、次の手順を実行します。
RPMビルドのディレクトリ構造を作成します。
% mkdir -p ~/rpmbuild/{BUILD,RPMS,SOURCES,SPECS,SRPMS}
(rootログインを避けるため)専用のビルド・ツリーを使用するようにRPMツールをセットアップします。
% echo '%_topdir %(echo $HOME)/rpmbuild' > ~/.rpmmacros
Oracle Public YumからソースRPM (*.src.rpm)をダウンロードします。Red Hat Enterprise Linux 6の場合:
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/
ソースRPMを、rpmbuild/SRPMSディレクトリに保存します。
rpmbuildを使用してRed Hat Enterprise Linuxをリビルドします。
% rpmbuild --rebuild ~/rpmbuild/SRPMS/R-2.15.3-1.el6.src.rpm
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注意: 欠落している依存関係がある場合は、rootでインストールします。 |
バイナリのRPMがビルドされて~/rpmbuild/RPMSに保存されます。
rootでログインし、次のコマンドを実行してRをインストールします。
# rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/R-core_RPM
たとえば、次のコマンドでR 2.15.3をRed Hat Enterprise Linux x86-64バージョン6にインストールします(rpmbuildのパスが/refresh/home/の場合)。
# rpm -i /refresh/home/rpmbuild/RPMS/x86_64/R-core-2.15.3-1.el6.x86_64.rpm
Oracle R Distributionは、Oracle Solaris x86-64およびSPARCでサポートされています。Oracle R Distributionをインストールする前に、ご使用のOracle SolarisのバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認します。表1-1「Oracle R Enterpriseのプラットフォーム要件」を参照してください。
Oracle R DistributionをOracle Solarisにインストールするには、次の手順を実行します。
Oracle R Distributionのオープン・ソース・ソフトウェアのダウンロード・ページに移動します。
インストールするファイルをダウンロードします。次にR-2.15.3のファイルを示します。
x86 64-bitシステムの場合:
ord-2.15.3-sol10-x86-64-sunstudio12u3.tar.gz ord-2.15.3-supporting-sol10-x86-64-sunstudio12u3.tar.gz
SPARC 64-bitシステムの場合:
ord-2.15.3-sol10-sparc-64-sunstudio12u3.tar.gz ord-2.15.3-supporting-sol10-sparc-64-sunstudio12u3.tar.gz
1つ目のファイル(sol110-x86-64またはsol10-sparc)を解凍します。
rootでnstall.shを実行して、Oracle R Distribution向けのSolaris PKGファイルをインストールします。
# install.sh
2つ目のファイル(supporting-sol10-x86-64またはsupporting-sol10-sparc)を、$ORACLE_HOME/libなどのローカル・ディレクトリに解凍します。このディレクトリを$LD_LIBRARY_PATHに追加します。
次のtarファイルには、libR.soの共有ライブラリが含まれます。
libiconv.so.2
libncurses.so.5
libreadline.so.6
libsunperf.so (このライブラリとこれに依存する共有ライブラリは、通常はOracle Solaris Studioに付属しています)。
次のコマンドを実行し、libR.soが自身の共有ライブラリの依存性をローカル・ディレクトリから正しく検出していることを検証します。
# ldd -r /usr/lib/64/R/lib/libR.so
コマンド・プロンプトでRと入力して、Rを起動します。
% R
Oracle R Distributionは、IBM AIXでサポートされています。Oracle R Distributionをインストールする前に、ご使用のIBM AIXのバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認します。表1-1「Oracle R Enterpriseのプラットフォーム要件」を参照してください。
Oracle R DistributionをIBM AIXにインストールするには、次の手順を実行します。
Oracle R Distributionのオープン・ソース・ソフトウェアのダウンロード・ページに移動します。
インストールするファイルをダウンロードします。次にR-2.15.3のファイルを示します。
ORD.2.15.3.0.bff.gz ord-supporting-aix.tar.gz
ord-supporting-aix.tar.gzを解凍します。
$ gunzip ord-supporting-aix.tar.gz # get ord-supporting-aix.tar $ tar -xvf ord-supporting-aix.tar # extract contents of .tar file $ ls ord-supporting-aix # list of rpms bash-4.2-5.aix5.1.ppc.rpm expat-2.0.1-3.aix5.1.ppc.rpm gettext-0.17-1.aix5.1.ppc.rpm glib2-2.28.6-1.aix5.1.ppc.rpm info-4.13a-2.aix5.1.ppc.rpm libiconv-1.14-1.aix5.1.ppc.rpm libpng-1.5.9-1.aix5.1.ppc.rpm libpng-devel-1.5.9-1.aix5.1.ppc.rpm pkg-config-0.25-2.aix5.1.ppc.rpm readline-6.2-3.aix5.1.ppc.rpm readline-devel-6.2-3.aix5.1.ppc.rpm texinfo-4.13a-2.aix5.1.ppc.rpm zlib-1.2.6-1.aix5.1.ppc.rpm zlib-devel-1.2.6-1.aix5.1.ppc.rpm
これらのRPMは、http://www.perzl.org/aix/からダウンロードすることもできます。
rpmコマンドを使用して、rootユーザーとしてRPMをインストールします。
$ cd /download_directory
$ su
# rpm -i *.rpm
既存の依存性をアップグレードするには、次のコマンドを使用します。
# rpm -UF *.rpm
依存性の競合がある場合は、次のコマンドを使用します。
# rpm -UF --nodeps *.rpm
LIBPATH環境変数に/opt/freeware/libを追加します。
kshの場合:
$ export LIBPATH=/opt/freeware/lib:$LIBPATH
cshの場合:
$ setenv LIBPATH /opt/freeware/lib:$LIBPATH
/opt/freeware/libは/usr/libより前に記述してください。
ORD-2.15.1-aix.bff.gzを解凍し、ORD-2.15.1-aix.bffを生成します。
$ gunzip ORD.2.15.1.0.bff.gz
Oracle R Distributionのすべてのファイル・セットをインストールするには、rootでinstallpコマンドを(applyオプション付きで)実行します。
$ cd /download_directory
$ su
# installp -a -d . ORD # install all the filesets in ORD
ファイル・セットを単独でインストールすることもできます。
# installp -a -d . ORD.core # installs only ORE.core # installp -a -d . ORD.devel # installs only ORE.devel
lddを実行して共有ライブラリの依存性が正しく検出されていることを確認します。
$ ldd /usr/lib/R/bin/exec/R $ ldd /usr/lib/R/lib/libR.so (libiconv, libreadline) $ ldd /usr/lib/R/lib/libRlapack.so $ ldd /usr/lib/R/lib/libRblas.so
LIBPATH環境変数に/usr/lib/R/libを追加します。
kshの場合:
$ export LIBPATH=/usr/lib/R/lib:$LIBPATH
cshの場合:
$ setenv LIBPATH /usr/lib/R/lib:$LIBPATH
ExadataではOracle R Enterprise向けのOracle R Distributionの使用をお薦めします。各ExadataノードにRをインストールする必要があります。
Linuxシステムでは、Oracle Public YumからOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。
インストール手順は、第3.2項「LinuxへのOracle R Distributionのインストール」を参照してください。
Oracle Solarisシステムでは、Oracle Technology Networkのオープン・ソース・ソフトウェアのダウンロード・ページからOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。
インストール手順は、第3.3項「Oracle SolarisへのOracle R Distributionのインストール」を参照してください。
Intel Math Kernel Library (MKL)には、高度にベクトル化およびスレッド化された線形代数、高速フーリエ変換(FFT)、ベクトル計算と統計の機能が含まれています。Oracle R Distributionには、ご使用のシステムにMKLがインストールされている場合、動的に検出する機能があります。
LinuxのOracle R DistributionでMKLを使用するには、次の手順に従います。
LD_LIBRARY_PATHシステム環境変数に、libmkl_rt.so、$RHOME/libおよび$ORACLE_HOME/libを追加します。
Rを起動し、次のOracle R Distribution関数Sys.BlasLapackを実行します。
R> Sys.BlasLapack()
$vendor
[1] "Intel Math Kernel Library (Intel MKL)"
$nthreads
[1] -1
戻された値によって、Rの内部BLASではなくMKLがインストールされていることが示されます。
MKLを使用して高速化するには、Oracle R Distributionを起動する前にご使用のシステムでMKL_THREADING_LAYER環境変数にGNUを設定する必要があります。Bashシェルで変数を次のように設定します。
% export MKL_THREADING_LAYER=GNU
Oracle R DistributionはWindowsでサポートされていませんが、Comprehensive R Archive Network (CRAN)からWindows向けに配布されているバイナリ版をOracle R Enterpriseで使用できます。
Rをインストールする前に、ご使用のMicrosoft WindowsのバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認します。表1-1「Oracle R Enterpriseのプラットフォーム要件」を参照してください。
WindowsにRをインストールするには、次の手順に従います。
Rのホーム・ページに移動します。
「Download, Packages」の下の「CRAN」を選択します。
CRAN Mirrorの1つを選択します。
「Download R for Windows」を選択します。
「Subdirectories」の下の「base」を選択します。
「Other builds」の下の「Previous releases」を選択します。
第1.7項に指定されている最新バージョンのRをダウンロードします。
ダウンロードが完了したら、実行可能ファイルをダブルクリックしてRのWindowsインストーラを起動します。例:
R-2.15.3-win.exe
説明に従って、インストールを完了してください。
