Oltre all'interoperabilità tra le applicazioni del desktop, Java Desktop System offre l'interoperabilità a livello aziendale. In particolare:
Gli utenti possono accedere ai dati, ai file e alle stampanti sia in ambiente Windows che in ambiente UNIX.
Il sistema può connettersi ai sistemi backend esistenti, inclusi i server di calendario e di messaging Sun Java System e i server di posta Active Directory, POP3, LDAP e SMTP.
Per maggiori informazioni sul desktop, vedere il Manuale utente di Java Desktop System versione 3. Per maggiori informazioni sulle applicazioni incluse in Java Desktop System, aprire la Guida online del desktop e scegliere l'applicazione di interesse nel pannello di navigazione.