Le applicazioni del desktop sono ben integrate in Java Desktop System, assicurando l'interoperabilità tra le applicazioni. Le caratteristiche di interoperabilità includono:
La possibilità di trascinare e rilasciare o di copiare e incollare testi, immagini e altri elementi tra le applicazioni
La possibilità di selezionare una delle stampanti disponibili nella rete, incluse le stampanti delle reti Windows
Un singolo punto di accesso per la gestione dei file, delle directory e dei computer della rete
L'accesso diretto al contenuto dei dati e dei file grazie all'avvio con un singolo clic delle applicazioni per i file contenuti nella posta elettronica, nelle pagine Web e nel file manager