Message Queue は、ファイルベースの持続モジュールと JDBC ベースの持続モジュールの両方をサポートしています。ファイルベースの持続モジュールでは、持続データを格納するために個別のファイルを使用します。JDBC ベースの持続では、JDBC™ (Java Database Connectivity) インタフェースを使用し、JDBC 互換のデータストアを必要とします。一般的に、ファイルベースの持続は、JDBC ベースの持続よりも高速です。ただし、JDBC 互換のストアによって提供される冗長性や管理機能を好むユーザーもいます。
ファイルベースの持続の場合は、持続的な操作によりメモリー内の状態とデータストアとを同期化するように指定することで、信頼性を高められます。この同期化は、システム破壊によるデータの損失をなくす上で役立ちますが、パフォーマンスが犠牲になります。