La plupart des problèmes aboutissant à l'absence de données de configuration centrales au sein des applications correspondantes provient probablement de Configuration Agent. En effet, il s'agit du système couramment utilisé par les adaptateurs afin de récupérer des données.
Si un changement de configuration centralisée ne semble pas être répercuté au niveau d'un paramètre donné (ou d'un groupe de paramètres), il est possible que l'utilisateur ait défini explicitement une valeur pour ce paramètre dans l'application (généralement, en utilisant la boîte de dialogue Options ou Préférences du produit). Dans ce cas, la préférence utilisateur prime sur les valeurs définies via Desktop Manager, sauf si les paramètres centralisés sont protégés, ce qui signifie que la valeur est imposée par l'administrateur et que l'utilisateur n'a pas l'autorisation de modifier celle-ci.