IDN 内のドメインを 1 つだけマスタードメインとして指定することができます。マスタードメインには、ネットワークトラフィックのコンジットとして使用される SMR が保持されます。たとえば、domain_a がマスタードメインの場合は、domain_b と domain_c は domain_a にある SMR を使用して互いに通信します。
既存の IDN のどれにも属さない 2 つのドメインから新規の IDN を作成する場合は、システムによってマスタードメインが自動的に選択されます。いったんこの決定が行われると、マスタードメインをリンク解除しない限り、またはマスターがハングアップしてネットワークが代替マスターを使用するように自動的に再構成されない限り、マスタードメインを変更することはできません。この規則の唯一の例外は、単一の domain_link(1M) コマンドを使用して、2 つの既存の IDN を統合する場合です。この場合は、現在の 2 つのマスタードメインのうちのどちらかのドメインを新たな IDN のマスタードメインとするのかを、システムが決定します。
システムは、どちらのドメインが最大の処理能力と最大のメモリー帯域幅を持っているかを判定することによって、マスタードメインを選択します (メモリー帯域幅は、実際にはドメイン内に存在するシステムボードの枚数と相関関係にあります)。本来、総合的な容量が最大であるドメインが他のドメインのために IDN バッファー要求に対応する必要があるので、そのようなドメインがマスタードメインとして使用されます。