Netscape Messaging Server では、サーバールートという概念が導入されます。これは、Netscape Messaging Server のシステム全体とその構成済みインスタンスを含むディレクトリです。ただし、唯一の例外として、/etc/nsserver.cfg ファイルだけがサーバールートに含まれていません。このファイルには、ノードのすべてのサーバールートが列挙されています。Sun Cluster 2.2 では、サーバールートごとに 1 つの Netscape Messaging Server インスタンスしか許可されていません。さらに、論理ホストごとに 1 つのサーバールートしか許されていないため、論理ホストごとに 1 つのインスタンスしか許可されません。