用于虚拟化光纤通道端口时，NPIV 有以下限制：
NPIV 端口不能用于引导。
NPIV 端口最好用于所含端口（虚拟或物理）相对较少的 SAN 中。此外，NPIV 能够创建大量端口，但有些目标可能没有足够的资源对其进行处理。存在此限制是因为如果 SAN 上的端口很多，则在 SAN 上处理状态更改通知 (state change notification, SCN) 需要花费大量时间。通过使用区域划分限制可见端口的数量，可解决大型 SAN 上的这一限制。
MPxIO 可与 NPIV 一起使用，但您应该确保不同的路径在物理上是冗余的。
仅光纤拓扑中支持 NPIV，FC-AL 或点对点拓扑中不支持。
并非所有硬件都支持 NPIV。在 SAN 中，交换机和 HBA（尽管不是目标）都必须支持 NPIV。根据规范，HBA 最多应可支持 255 个虚拟端口，但此能力受到交换机上资源的限制。交换机可能必须更新到最新固件级别才能提供 NPIV 支持。