堆栈是临时内存地址空间，用于保留子程序或函数调用期间的参数和自动变量。如果线程堆栈的大小太小，则可能会出现堆栈溢出，从而导致无提示的数据损坏或段故障。
正在执行的程序为执行该程序的初始线程（或主线程）维护一个主堆栈。使用 limit C shell 命令或者 ulimit Bourne 或 Korn shell 命令可显示或设置初始线程（或主线程）的堆栈大小。
另外，程序中的每个 OpenMP 辅助线程有自己的线程堆栈。此堆栈模拟初始（或主）线程堆栈，但对于线程是唯一的。线程的 private 变量在线程堆栈上进行分配。对于 32 位应用程序，辅助线程堆栈的缺省大小为 4 MB；对于 64 位应用程序，缺省值为 8 MB。使用 OMP_STACKSIZE 环境变量设置辅助线程堆栈的大小。
请注意，使用 -stackvar 选项编译 Fortran 程序将强制在堆栈中分配局部变量和数组，就好像它们是自动变量。对于使用 -xopenmp、-xopenmp=parallel 或 -xopenmp=noopt 选项编译的程序，-stackvar 为隐式选项。如果为堆栈分配的内存不足，会导致堆栈溢出。请务必确保堆栈足够大。
C shell 示例：
% limit stacksize 32768 <- Sets the main thread stack size to 32 Megabytes % setenv OMP_STACKSIZE 16384 <- Sets the helper thread stack size to 16 Megabytes
Bourne shell 或 Korn shell 示例：
$ ulimit -s 32768 <- Sets the main thread stack size to 32 Megabytes $ OMP_STACKSIZE=16384 <- Sets the helper thread stack size to 16 Megabytes $ export OMP_STACKSIZE