기본적으로 사용자 메뉴 구성 파일은 동일한 이름의 시스템 메뉴 구성 파일보다 우선합니다. 예를 들어, applications.menu 파일이 사용자의 $XDG_CONFIG_HOME/menus 디렉토리에 있을 경우 해당 사용자의 Applications(프로그램) 메뉴를 구성하기 위해 시스템 applications.menu 파일 대신 해당 파일이 사용됩니다. 이같은 교체로 인해 사용자가 예상한 모든 메뉴 항목에 액세스하지 못할 수 있습니다. 이 상황을 피하려면 메뉴 구성 파일을 교체할 것이 아니라, 다른 메뉴 구성 파일과 병합해야 합니다. 이 프로세스는 다음 절에서 설명합니다.