A segurança nos nós de computação do MiniCluster é fornecida em vários níveis. Ela começa com a inicialização segura verificada dos nós de computação, um sistema operacional fortalecido e minimizado que é executado como máquinas virtuais isoladas a fim de impedir cargas de trabalho e dados de serem acessados por usuários e sistemas não autorizados. A tecnologia Zonas Oracle Solaris é usada como máquinas virtuais no MiniCluster para hospedar ambientes de computação isolados e proteger, com eficácia, diferentes aplicativos em execução no mesmo sistema operacional protegendo-os de atividades acidentais ou danosas ocorridas em outras máquinas virtuais. Apesar da execução no mesmo kernel, cada zona Solaris tem sua própria identidade e isolamento de recursos, namespaces e processos. Essencialmente, as zonas Solaris fornecem virtualização incorporada com um forte isolamento e controles de recursos flexíveis em uma memória e CPU menores do que as máquinas virtuais tradicionais em execução em hipervisores do Tipo 1. Cada máquina virtual é configurada com um perfil de segurança que define um conjunto abrangente de controles e políticas de segurança que são automaticamente aplicados durante o processo de instalação. O uso de pools ZFS e conjuntos de dados permite distribuição e isolamento adicionais do armazenamento em unidades mais granulares para máquinas virtuais e é possível ter suas próprias políticas de segurança.