4.1 Condaコマンド
このトピックでは、conda環境の作成およびテスト中にADMINが使用する一般的なコマンドについて説明します。Condaは、サード・パーティRライブラリが含まれる環境の使用を可能にするオープンソースのパッケージおよび環境管理システムです。
Condaヘルプ
condaコマンドのヘルプを表示するには、コマンド名の後に--help
フラグを付けて実行します。
ノート:
%conda
インタプリタによってcondaコンテキストが提供されるため、condaコマンドは明示的に実行されません。
-
すべてのcondaコマンドのヘルプを表示する
%conda --help
-
特定のcondaコマンドのヘルプを表示する。次のコマンドを実行して、
install
コマンドのヘルプを表示します。%conda install --help
Conda情報
info
コマンドは、condaバージョンや使用可能なチャネルなど、condaインストールに関する情報を表示します。
%conda
info
Conda検索
search
コマンドを使用すると、パッケージを検索したり、関連する情報(パッケージのバージョンやパッケージが存在するチャネルなど)を表示できます。
-
特定のパッケージを検索する。次のコマンドを実行して、パッケージ
ggplot2
を検索します。%conda search ggplot2
-
パッケージ名に'scikit'が含まれるパッケージを検索する。
%conda search '*ggplot2*'
-
特定のバージョンのパッケージを検索する。
%conda search 'ggplot2==3.1.1'
%conda search 'ggplot2>=3.1.1'
拡張Condaコマンド
conda環境のライフサイクル管理パッケージenv-lcm
に含まれる一連の拡張condaコマンドにより、使用可能な環境のアップロード、ダウンロード、リスト、削除など、オブジェクト・ストレージに保存された環境の管理がサポートされます。
condaライフサイクル環境コマンドのヘルプ。
%conda
env-lcm --help
Usage: conda-env-lcm [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...
ADB-S Command Line Interface (CLI) to manage persistence of conda
environments
Options:
-v, --version Show the version and exit.
--help Show this message and exit.
Commands:
delete Delete a saved conda environment
download Download a saved conda environment
import Create or update a conda environment from saved metadata
list-local-envs List locally available environments for use
list-saved-envs List saved conda environments
upload Save conda environment for later use
Conda環境の作成
- createコマンドを使用して環境
myenv
を作成し、conda-forgeチャネルから予測パッケージをインストールします。 - 新しい環境が作成されていることを確認し、環境をアクティブ化します。
- R環境にe1071パッケージをインストールします。
- R環境からforecastパッケージをアンインストールします。
- 環境を非アクティブ化して削除します。
ノート:
- ADMINユーザーはPythonおよびRからconda環境にアクセスできますが、埋込みのPythonおよびR実行コマンドは実行できません。
create
コマンドのヘルプを表示するには、%conda
段落にcreate --help
と入力します。
環境のリスト
デフォルトで使用可能な環境をリストするところから始めます。Condaには、いくつかのコア・システム・ライブラリおよびconda依存関係が含まれるデフォルト環境があります。アクティブな環境にはアスタリスク(*)が付いています。
%conda
env list
# conda environments:
#
base * /usr
conda-pack-env /usr/envs/conda-pack-env
Conda環境の作成
OML4Rの互換性のためにR=4を指定してmyenv
というconda環境を作成し、conda-forgeチャネルからforecastパッケージをインストールします。override-channelsオプションを使用してconda-forgeのみが検索されるようにし、strict-channel-priorityを使用してconda操作を高速化します。conda-forgeチャネルからのパッケージのインストールの詳細は、「conda-forgeチャネルからのパッケージのインストール」を参照してください。
%conda
create -n myenv -c conda-forge --override-channels --strict-channel-priority r-forecast
環境の作成の確認
myenv環境が環境のリストに含まれていることを確認します。アスタリスク(*)は、アクティブな環境を示します。新しい環境が作成されていますが、アクティブ化されません。
%conda
env list
# conda environments:
#
myenv /u01/.conda/envs/myenv
base * /usr
conda-pack-env /usr/envs/conda-pack-env
環境のアクティブ化
myenv環境をアクティブ化し、環境をリストしてアクティブ化を確認します。環境名の横にあるアスタリスク(*)により、アクティブ化が確認されます。
%conda
activate myenv
Conda environment 'myenv' activated
デフォルトで使用可能な環境をリストします。
%conda
env list
# conda environments:
#
myenv * /u01/.conda/envs/myenv
base /usr
conda-pack-env /usr/envs/conda-pack-env
ライブラリのインストールとアンインストール
ADMINユーザーは、install
およびuninstall
コマンドを使用して、環境に対してライブラリをインストールおよびアンインストールできます。conda install
およびuninstall
コマンドのヘルプを表示するには、%conda
段落にinstall --help
およびuninstall --help
と入力します。
ノート:
condaによってパッケージが環境にインストールされると、必要な依存関係もインストールされます。ここに示すとおり、既存の環境にパッケージをインストールできます。ベスト・プラクティスとして、依存関係の競合を回避するために、特定の環境で必要なパッケージをすべて同時にインストールします。
追加パッケージのインストール
アクティブ化されたmyenv環境にe1071パッケージをインストールします。
%conda
install r-e1071
現在の環境内のパッケージのリスト
現在の環境にインストールされているパッケージをリストし、forecastおよびe1071がインストールされていることを確認します。
%conda
list
出力は、次のようなものです。
# packages in environment at /u01/.conda/envs/myrenv:
#
# Name Version Build Channel
_libgcc_mutex 0.1 conda_forge conda-forge
_openmp_mutex 4.5 2_gnu conda-forge
_r-mutex 1.0.1 anacondar_1 conda-forge
binutils_impl_linux-64 2.33.1 he6710b0_7
.
.
.
r-digest 0.6.18 r36h96ca727_0
r-e1071 1.7_1 r36h29659fb_0
r-evaluate 0.13 r36h6115d3f_0
r-fansi 0.4.0 r36h96ca727_0
r-forecast 8.6 r36h29659fb_0
r-fracdiff 1.4_2 r36h96ca727_4
r-fs 1.2.7 r36h29659fb_0
r-generics 0.0.2 r36h6115d3f_0
r-ggplot2 3.1.1 r36h6115d3f_0
r-glue 1.3.1 r36h96ca727_0
.
.
.
zlib 1.2.13 h166bdaf_4 conda-forge
zstd 1.5.2 h6239696_4 conda-forge
前述の出力は切り取られているため、パッケージの完全なリストを示していません。
パッケージのアンインストール
uninstallコマンドを使用して、ライブラリを環境からアンインストールできます。現在の環境からforecastパッケージをアンインストールしてみましょう。
%conda
uninstall r-forecast
パッケージがアンインストールされたことの確認
現在の環境内のパッケージをリストし、forecastパッケージがアンインストールされたことを確認します。
%conda
list
次に示す出力には、r-forecastパッケージが含まれていません。
# packages in environment at /u01/.conda/envs/myrenv:
#
# Name Version Build Channel
_libgcc_mutex 0.1 conda_forge conda-forge
_openmp_mutex 4.5 2_gnu conda-forge
_r-mutex 1.0.1 anacondar_1 conda-forge
binutils_impl_linux-64 2.39 h6ceecb4_0 conda-forge
bwidget 1.9.14 ha770c72_1 conda-forge
bzip2 1.0.8 h7f98852_4 conda-forge
c-ares 1.18.1 h7f98852_0 conda-forge
ca-certificates 2022.10.11 h06a4308_0
cairo 1.16.0 ha61ee94_1014 conda-forge
curl 7.86.0 h2283fc2_1 conda-forge
expat 2.5.0 h27087fc_0 conda-forge
font-ttf-dejavu-sans-mono 2.37 hab24e00_0 conda-forge
font-ttf-inconsolata 3.000 h77eed37_0 conda-forge
font-ttf-source-code-pro 2.038 h77eed37_0 conda-forge
font-ttf-ubuntu 0.83 hab24e00_0 conda-forge
fontconfig 2.14.1 hc2a2eb6_0 conda-forge
fonts-conda-ecosystem 1 0 conda-forge
fonts-conda-forge 1 0 conda-forge
freetype 2.12.1 hca18f0e_0 conda-forge
fribidi 1.0.10 h36c2ea0_0 conda-forge
gcc_impl_linux-64 12.2.0 hcc96c02_19 conda-forge
gettext 0.21.1 h27087fc_0 conda-forge
gfortran_impl_linux-64 12.2.0 h55be85b_19 conda-forge
graphite2 1.3.13 h58526e2_1001 conda-forge
gsl 2.7 he838d99_0 conda-forge
gxx_impl_linux-64 12.2.0 hcc96c02_19 conda-forge
harfbuzz 5.3.0 h418a68e_0 conda-forge
icu 70.1 h27087fc_0 conda-forge
jpeg 9e h166bdaf_2 conda-forge
kernel-headers_linux-64 2.6.32 he073ed8_15 conda-forge
keyutils 1.6.1 h166bdaf_0 conda-forge
krb5 1.19.3 h08a2579_0 conda-forge
ld_impl_linux-64 2.39 hc81fddc_0 conda-forge
lerc 4.0.0 h27087fc_0 conda-forge
libblas 3.9.0 16_linux64_openblas conda-forge
libcblas 3.9.0 16_linux64_openblas conda-forge
libcurl 7.86.0 h2283fc2_1 conda-forge
libdeflate 1.14 h166bdaf_0 conda-forge
libedit 3.1.20191231 he28a2e2_2 conda-forge
libev 4.33 h516909a_1 conda-forge
libffi 3.4.2 h7f98852_5 conda-forge
libgcc-devel_linux-64 12.2.0 h3b97bd3_19 conda-forge
libgcc-ng 12.2.0 h65d4601_19 conda-forge
libgfortran-ng 12.2.0 h69a702a_19 conda-forge
libgfortran5 12.2.0 h337968e_19 conda-forge
libglib 2.74.1 h7a41b64_0 conda-forge
libgomp 12.2.0 h65d4601_19 conda-forge
libiconv 1.17 h166bdaf_0 conda-forge
liblapack 3.9.0 16_linux64_openblas conda-forge
libnghttp2 1.47.0 hff17c54_1 conda-forge
libopenblas 0.3.21 pthreads_h78a6416_3 conda-forge
libpng 1.6.38 h753d276_0 conda-forge
libsanitizer 12.2.0 h46fd767_19 conda-forge
libssh2 1.10.0 hf14f497_3 conda-forge
libstdcxx-devel_linux-64 12.2.0 h3b97bd3_19 conda-forge
libstdcxx-ng 12.2.0 h46fd767_19 conda-forge
libtiff 4.4.0 h55922b4_4 conda-forge
libuuid 2.32.1 h7f98852_1000 conda-forge
libwebp-base 1.2.4 h166bdaf_0 conda-forge
libxcb 1.13 h7f98852_1004 conda-forge
libxml2 2.10.3 h7463322_0 conda-forge
libzlib 1.2.13 h166bdaf_4 conda-forge
make 4.3 hd18ef5c_1 conda-forge
ncurses 6.3 h27087fc_1 conda-forge
openssl 3.0.7 h166bdaf_0 conda-forge
pango 1.50.11 h382ae3d_0 conda-forge
pcre2 10.37 hc3806b6_1 conda-forge
pixman 0.40.0 h36c2ea0_0 conda-forge
pthread-stubs 0.4 h36c2ea0_1001 conda-forge
r-backports 1.4.1 r41h06615bd_1 conda-forge
r-base 4.1.3 h7880091_3 conda-forge
r-brio 1.1.3 r41h06615bd_1 conda-forge
r-callr 3.7.3 r41hc72bb7e_0 conda-forge
r-cli 3.4.1 r41h7525677_1 conda-forge
r-colorspace 2.0_3 r41h06615bd_1 conda-forge
r-crayon 1.5.2 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-curl 4.3.3 r41h06615bd_1 conda-forge
r-desc 1.4.2 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-diffobj 0.3.5 r41h06615bd_1 conda-forge
r-digest 0.6.30 r41h7525677_0 conda-forge
r-ellipsis 0.3.2 r41h06615bd_1 conda-forge
r-evaluate 0.18 r41hc72bb7e_0 conda-forge
r-fansi 1.0.3 r41h06615bd_1 conda-forge
r-farver 2.1.1 r41h7525677_1 conda-forge
r-fracdiff 1.5_2 r41h64d53c3_0 conda-forge
r-fs 1.5.2 r41h7525677_2 conda-forge
r-generics 0.1.3 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-ggplot2 3.4.0 r41hc72bb7e_0 conda-forge
r-glue 1.6.2 r41h06615bd_1 conda-forge
r-gtable 0.3.1 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-isoband 0.2.6 r41h7525677_1 conda-forge
r-jsonlite 1.8.3 r41h06615bd_0 conda-forge
r-labeling 0.4.2 r41hc72bb7e_2 conda-forge
r-lattice 0.20_45 r41h06615bd_1 conda-forge
r-lifecycle 1.0.3 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-lmtest 0.9_40 r41h8da6f51_1 conda-forge
r-magrittr 2.0.3 r41h06615bd_1 conda-forge
r-mass 7.3_58.1 r41h06615bd_1 conda-forge
r-matrix 1.5_3 r41h5f7b363_0 conda-forge
r-mgcv 1.8_41 r41h5f7b363_0 conda-forge
r-munsell 0.5.0 r41hc72bb7e_1005 conda-forge
r-nlme 3.1_160 r41h8da6f51_0 conda-forge
r-nnet 7.3_18 r41h06615bd_1 conda-forge
r-pillar 1.8.1 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-pkgconfig 2.0.3 r41hc72bb7e_2 conda-forge
r-pkgload 1.3.2 r41hc72bb7e_0 conda-forge
r-praise 1.0.0 r41hc72bb7e_1006 conda-forge
r-processx 3.8.0 r41h06615bd_0 conda-forge
r-ps 1.7.2 r41h06615bd_0 conda-forge
r-quadprog 1.5_8 r41hd009a43_4 conda-forge
r-quantmod 0.4.20 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-r6 2.5.1 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-rcolorbrewer 1.1_3 r41h785f33e_1 conda-forge
r-rcpp 1.0.9 r41h7525677_0 conda-forge
r-rcpparmadillo 0.11.4.2.1 r41h9f5de39_0 conda-forge
r-rematch2 2.1.2 r41hc72bb7e_2 conda-forge
r-rlang 1.0.6 r41h7525677_1 conda-forge
r-rprojroot 2.0.3 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-scales 1.2.1 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-testthat 3.1.5 r41h7525677_1 conda-forge
r-tibble 3.1.8 r41h06615bd_1 conda-forge
r-timedate 4021.106 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-tseries 0.10_52 r41hd009a43_0 conda-forge
r-ttr 0.24.3 r41h06615bd_1 conda-forge
r-urca 1.3_3 r41h8da6f51_0 conda-forge
r-utf8 1.2.2 r41h06615bd_1 conda-forge
r-vctrs 0.5.1 r41h7525677_0 conda-forge
r-viridislite 0.4.1 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-waldo 0.4.0 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-withr 2.5.0 r41hc72bb7e_1 conda-forge
r-xts 0.12.2 r41h06615bd_0 conda-forge
r-zoo 1.8_11 r41h06615bd_1 conda-forge
readline 8.1.2 h0f457ee_0 conda-forge
sed 4.8 he412f7d_0 conda-forge
sysroot_linux-64 2.12 he073ed8_15 conda-forge
tk 8.6.12 h27826a3_0 conda-forge
tktable 2.10 hb7b940f_3 conda-forge
xorg-kbproto 1.0.7 h7f98852_1002 conda-forge
xorg-libice 1.0.10 h7f98852_0 conda-forge
xorg-libsm 1.2.3 hd9c2040_1000 conda-forge
xorg-libx11 1.7.2 h7f98852_0 conda-forge
xorg-libxau 1.0.9 h7f98852_0 conda-forge
xorg-libxdmcp 1.1.3 h7f98852_0 conda-forge
xorg-libxext 1.3.4 h7f98852_1 conda-forge
xorg-libxrender 0.9.10 h7f98852_1003 conda-forge
xorg-libxt 1.2.1 h7f98852_2 conda-forge
xorg-renderproto 0.11.1 h7f98852_1002 conda-forge
xorg-xextproto 7.3.0 h7f98852_1002 conda-forge
xorg-xproto 7.0.31 h7f98852_1007 conda-forge
xz 5.2.6 h166bdaf_0 conda-forge
zlib 1.2.13 h166bdaf_4 conda-forge
zstd 1.5.2 h6239696_4 conda-forge
環境の削除
データベース内のOMLユーザーのオブジェクト・ストレージに環境をアップロードする予定がない場合は、ノートブック・セッションを終了するだけで範囲外になります。あるいは、env removeコマンドを使用して明示的に削除することもできます。myenv環境を削除し、削除されたことを確認します。ベスト・プラクティスは、削除する前に環境を非アクティブ化することです。env remove
コマンドのヘルプを表示するには、%conda
インタプリタにenv remove --help
と入力します。
-
環境を非アクティブ化する。
%conda deactivate
Conda environment deactivated
-
環境を削除する。
%conda env remove -n myenv
環境をリストして、環境が削除されているかどうかを確認します。
env list
# conda environments: # myrenv /u01/.conda/envs/myrenv base * /usr conda-pack-env /usr/envs/conda-pack-env
環境
/u01/.conda/envs/myenv
内の全パッケージを削除します。
インストール対象のパッケージの指定
conda-forgeチャネルからのパッケージのインストール
Condaチャネルは、パッケージが格納される場所です。パッケージをホストおよび管理するための基盤として機能します。Condaパッケージは、リモート・チャネル(condaパッケージが格納されているディレクトリへのURL)からダウンロードします。condaコマンドよって一連のチャネルが検索されます。デフォルトでは、パッケージはデフォルトのチャネルから自動的にダウンロードおよび更新されます。conda-forgeチャネルは、誰でも無料で使用できます。自動的に検索されるリモート・チャネルを変更できます。これは、プライベートまたは内部チャネルを管理するために実行することがあります。次の例では、数千人の貢献者で構成されるコミュニティ・チャネルであるconda-forgeチャネルを使用しています。
-
特定のバージョンのパッケージをインストールする。
特定のバージョンのパッケージをインストールするには、<
package_name
>=<version
>を使用します。 -
conda-forgeを使用して環境を作成する。
%conda create -n mychannelenv -c conda-forge --override-channels --strict-channel-priority r-forecast activate mychannelenv
-
チャネルを指定して、conda-forgeからパッケージをインストールする。
%conda install forecast --channel conda-forge
-
特定のバージョンのパッケージをインストールする。
%conda install r-forecast=8.18
親トピック: サードパーティ・パッケージのインストール