副統合ワークスペースをいくつか使用する複層階層には、次の欠点があります。
新規ワークスペースを追加するたびに、大きなディスク領域が必要になる。
各開発者が同じ統合ワークスペースにプットバックを行わないため、定期的にほかの開発者の作業を確認することが困難になる。
副統合ワークスペースを上位の統合ワークスペースに統合する作業は、小さな単位で頻繁に統合作業を行う場合よりも、複雑になることがある。