GConf 系统信息库的结构类似于简单的文件系统，其中包含按分层结构组织的键。每个键要么是一个包含更多键的目录，要么具有一个值。
系统信息库根据应用程序类型分成多个逻辑组，并包含以下目录：
与使用 GConf 系统信息库的应用程序相对应的目录。您可以看到以下目录：
system
desktop
apps
例如，文件系统包含目录 /apps/metacity。
与首选项类别相对应的子目录。
例如，文件系统包含目录 /apps/metacity/general。
包含架构文件的目录，称为 schemas。架构文件描述了所有首选项键。
GConf 系统信息库中的每个首选项都表示为键-值对。GConf 首选项键是指系统信息库中与应用程序首选项相对应的元素。例如，/apps/gnome-session/options/show_splash_screen 首选项键对应于 "Sessions"（会话）首选项工具中的 "Show Splash Screen on Login"（启动时显示启动画面）选项。
首选项键通常具有简单数据类型，例如以下类型：
字符串
整数
字符串列表
整数列表
系统信息库中的首选项键的格式取决于用来读取系统信息库的可扩展标记语言 (Extensible Markup Language, XML) 后端模块。以下是使用 XML 后端模块读取系统信息库时的 /desktop/gnome/interface/font_name 首选项键的示例：
<entry name="font_name" mtime="1038323555" muser="user123" type="string"> <stringvalue>Sans 10</stringvalue> </entry>