| Oracle® R Enterpriseインストレーションおよび管理ガイド リリース1.4.1 for Windows, Linux, Solaris, and AIX E57721-01 |
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この章では、Oracle R Enterprise向けのRをインストールする方法について説明します。この章の内容は次のとおりです。
Oracle R Enterpriseでは、サーバー・コンピュータおよびサーバーと対話する各クライアント・コンピュータにRがインストールされている必要があります。Rは、サード・パーティのオープン・ソース・ソフトウェアです。オープン・ソースRは、OracleライセンスではなくGNU General Public License (GPL)で管理されています。
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関連項目:
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ROracleは、RとOracle Databaseとの相互作用を可能にするオープン・ソースRパッケージです。ROracleはオラクル社が保守およびサポートしています。
ROracleは、Oracle R Enterpriseで使用されるオープン・ソースのSupporting Packagesの1つです。Supporting Packagesの概要は第1.2項を、説明は表6-2を参照してください。
Oracle R Enterpriseは、Oracleの無償版ディストリビューションであるOracle R Distributionと組み合せて使用することをお薦めします。Oracle R EnterpriseでOracle R Distributionを使用すると、大きな利点があります。
Oracle R Distributionを使用するメリット
Oracle R Distributionは、Oracle R Enterprise向けのRのインストールを簡略化します。
Oracle R Distributionは、Oracle Advanced Analytics、Oracle LinuxおよびOracle Big Data Applianceのユーザーに対してサポートされています。
WindowsおよびLinuxでは、Oracle R DistributionはIntel Math Kernel Library (MKL)との統合を簡略化します。MKLによってRの数学的計算の多く(高度にベクトル化およびスレッド化された線形代数、高速フーリエ変換(FFT)、ベクトル演算関数、統計関数)のパフォーマンスが大幅に向上します。(第3.6項「クライアントでMKLを使用するためのOracle R Distributionの構成」を参照。)
Oracle Solarisでは、Oracle R Distributionは自動的にSun Performance Libraryを使用します。LinuxおよびWindows用のMKLと同様に、Sun Performance Libraryは多くの数学的計算のパフォーマンスを向上します。Sun Performance LibraryはOracle Solaris Studioの一部です。
Oracle R Enterpriseでは、できる限りOracle R Distributionを使用することをお薦めしますが、オープン・ソースRを使用することもできます。オープン・ソースRを使用する場合は、ソースから構築する必要があります。次の構成パラメータを使用してください。
./configure --with-lapack --with-ICU=no --enable-R-shlib
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関連項目:
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Oracle R Distributionは、Oracle LinuxおよびRedhat Enterprise Linuxにインストールできます。インストールを開始する前に、表1-1「Oracle R Enterpriseのプラットフォーム要件」の説明に従って、ご使用のLinuxバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認してください。次のコマンドを使用して、Linuxのバージョンを確認できます。
# uname -r
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注意: インターネットにアクセスできるOracle Linuxシステムでは、次のURLでOracle Public YumサーバーからOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。http://public-yum.oracle.com/ |
このトピックには次の項が含まれます:
Oracle R Distributionのインストールには、yumの使用をお薦めします。Yumを使用するとRPM依存性が自動的に解決されるため、Oracle R Distributionのインストールが簡略になります。第3.2.2項に示すとおり、RPMを直接インストールする場合は、依存性を手動で解決する必要があります。
Yumを使用してOracle LinuxにOracle R Distributionをインストールするには、次の手順を実行します。
rootでLinuxサーバーにログインして、/etc/yum.repos.dディレクトリに変更します。
# cd /etc/yum.repos.d
ディレクトリの内容をリストして、Yumの構成ファイルが存在しているかどうかを確認します。構成ファイルの名前はpublic-yum-xxx.repoで、xxxは、Oracle Linux 5の場合はel5、Oracle Linux 6の場合は0l6です。
Yumの構成ファイルが存在しない場合は、Linuxプラットフォームでwgetコマンドを実行して、Oracle Public Yumからファイルをダウンロードします。
# wget http://public-yum.oracle.com/public-yum-el5.repo
または
# wget http://public-yum.oracle.com/public-yum-ol6.repo
テキスト・エディタでpublic-yum-xxx.repoを開いて、xxx_latestおよびxxx_addonsにenabled=1を指定します(xxxはLinuxのバージョンを表し、el5またはol6のいずれかです)。
[xxx_latest] enabled=1 [xxx_addons] enabled=1
Oracle R Distributionパッケージはxxx_addonsにあります。Oracle R Distribution RPMの依存性は最新のOracle Linuxのリポジトリであるxxx_latestにあります。
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注意: 最新のOracle Linuxを使用しておらず、使用しているバージョン固有の依存パッケージをインストールする場合は、該当するOracle Linuxレポジトリを有効にする必要があります。たとえば、最新のリポジトリではなくOracle Linux 5.8リポジトリを有効にするには、次の手順を実行します。
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yum installコマンドを実行して、Rをインストールします。
R-3.0.1をインストールする場合:
# yum install R-3.0.1
Oracle Public Yumで入手可能な最新バージョンのRをインストールする場合:
# yum install R.x86_64
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注意: Oracle Public Yumの最新バージョンのRが、ご使用のOracle R Enterpriseのバージョンではサポートされていない場合があります。表1-2「Oracle R Enterprise Serverのサポート・マトリクス」を参照して、使用できるRのバージョンを判断してください。 |
YumによりRPM依存性が自動的に解決されるため、Yumを使用してOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。ただし、Yumが使用可能でない場合は、RPMを直接インストールして手動で依存性を解決することもできます。
RPMをダウンロードおよびインストールするには、rootでログインして、第3.2.2.1項にリストされているRPMごとに次のコマンドを実行します。
rpm -Uvh rpm_name
Oracle R Distribution 3.0.1 RPMは次の各項にリストされています。
第3.2.2.2項「Oracle Linux 5向けのOracle R Distribution 3.0.1 RPM依存性」
第3.2.2.3項「「Oracle Linux 6向けのOracle R Distribution 3.0.1 RPM」
Oracle Linux 5向けのOracle R Distribution RPMは次のようにリストされています。
R-3.0.1-2.x86_64.rpm R-core-3.0.1-2.x86_64.rpm R-devel-3.0.1-2.x86_64.rpm libRmath-3.0.1-2.x86_64.rpm libRmath-devel-3.0.1-2.x86_64.rpm libRmath-static-devel-3.0.1-2.x86_64.rpm
第3.2.2.2項にリストされているOracle Linux 5向けの依存RPMが自動的に含まれない場合は、それらを明示的にダウンロードおよびインストールします。
Oracle Linux 5向けのOracle R Distributionの依存RPMは次のようにリストされています。
atk-1.12.2-1.fc6.x86_64.rpm avahi-0.6.16-10.el5_6.x86_64.rpm avahi-compat-libdns_sd-0.6.16-10.el5_6.x86_64.rpm bitstream-vera-fonts-1.10-7.noarch.rpm bzip2-devel-1.0.3-6.el5_5.x86_64.rpm Cairo-1.2.4-5.el5.x86_64.rpm chkfontpath-1.10.1-1.1.x86_64.rpm cpp-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm cups-1.3.7-30.el5_9.3.x86_64.rpm cups-libs-1.3.7-30.el5_9.3.x86_64.rpm dbus-python-0.70-9.el5_4.x86_64.rpm desktop-file-utils-0.10-7.x86_64.rpm dialog-1.0.20051107-1.2.2.x86_64.rpm ed-0.2-39.el5_2.x86_64.rpm gcc-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm gcc-c++-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm gcc-gfortran-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm ghostscript-8.70-14.el5_8.1.x86_64.rpm ghostscript-fonts-5.50-13.1.1.noarch.rpm gmp-4.1.4-10.el5.x86_64.rpm gtk2-2.10.4-29.el5.x86_64.rpm hicolor-icon-theme-0.9-2.1.noarch.rpm libFS-1.0.0-3.1.x86_64.rpm libX11-1.0.3-11.el5_7.1.x86_64.rpm libX11-devel-1.0.3-11.el5_7.1.x86_64.rpm libXau-devel-1.0.1-3.1.x86_64.rpm libXdmcp-devel-1.0.1-2.1.x86_64.rpm libXfont-1.2.2-1.0.4.el5_7.x86_64.rpm libfontenc-1.0.2-2.2.el5.x86_64.rpm libgcc-4.1.2-54.el5.i386.rpm libgcc-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm libgfortran-4.1.2-52.el5_8.1.i386.rpm libgfortran-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm libstdc++-4.1.2-54.el5.i386.rpm libstdc++-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm libstdc++-devel-4.1.2-54.el5.i386.rpm libstdc++-devel-4.1.2-54.el5.x86_64.rpm libtiff-3.8.2-18.el5_8.x86_64.rpm mesa-libGL-6.5.1-7.11.el5_9.x86_64.rpm mesa-libGL-devel-6.5.1-7.11.el5_9.x86_64.rpm netpbm-10.35.58-10.el5.x86_64.rpm netpbm-progs-10.35.58-10.el5.x86_64.rpm pango-1.14.9-8.0.1.el5_7.3.x86_64.rpm paps-0.6.6-20.el5.x86_64.rpm pcre-6.6-6.el5_6.1.x86_64.rpm pcre-devel-6.6-6.el5_6.1.x86_64.rpm poppler-0.5.4-19.el5.x86_64.rpm poppler-utils-0.5.4-19.el5.x86_64.rpm tcl-8.4.13-6.el5.x86_64.rpm tcl-devel-8.4.13-6.el5.x86_64.rpm tetex-3.0-33.15.el5_8.1.x86_64.rpm tetex-dvips-3.0-33.15.el5_8.1.x86_64.rpm tetex-fonts-3.0-33.15.el5_8.1.x86_64.rpm tetex-latex-3.0-33.15.el5_8.1.x86_64.rpm texinfo-4.8-14.el5.x86_64.rpm texinfo-tex-4.8-14.el5.x86_64.rpm tk-devel-8.4.13-5.el5_1.1.x86_64.rpm ttmkfdir-3.0.9-23.el5.x86_64.rpm urw-fonts-2.3-6.1.1.noarch.rpm xorg-x11-font-utils-7.1-3.x86_64.rpm xorg-x11-proto-devel-7.1-13.el5.x86_64.rpm xorg-x11-xfs-1.0.2-5.el5_6.1.x86_64.rpm zlib-1.2.3-7.el5.i386.rpm zlib-1.2.3-7.el5.x86_64.rpm zlib-devel-1.2.3-7.el5.x86_64.rpm
Oracle Linux 6向けのOracle R Distribution RPMは次のようにリストされています。
R-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm R-core-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm R-devel-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm libRmath-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm libRmath-devel-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm libRmath-static-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm
次の依存RPMが自動的に含まれない場合は、明示的にダウンロードおよびインストールします。
texinfo-tex-4.13a-8.el6.x86_64.rpm
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注意: これらのインストール説明は、Red Hat Enterprise Linux 6に固有のものです。Red Hat Enterprise Linux 5の場合は、ol6をel5に変更してください。 |
Oracle R DistributionをRed Hat Enterprise Linux 6にインストールするには、次の手順を実行します。
RPMビルドのディレクトリ構造を作成します。
mkdir -p /rpmbuild/{BUILD,RPMS,SOURCES,SPECS,SRPMS}
(rootを避けるため)専用のビルド・ツリーを使用するようにRPMツールを設定します。
echo '%_topdir %(echo $HOME)/rpmbuild' > /.rpmmacros
Oracle Public YumからソースRPM (*.src.rpm)をダウンロードします。Red Hat Enterprise Linux 6の場合:
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/
ソースRPMを、rpmbuild/SRPMSディレクトリに保存します。
rpmbuildを使用してRed Hat Enterprise Linuxをリビルドします。
rpmbuild --rebuild /rpmbuild/SRPMS/R-3.0.1-1.el6.src.rpm
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注意: 欠落している依存関係がある場合は、rootでインストールします。 |
バイナリのRPMがビルドされて/rpmbuild/RPMSに保存されます。
rootでログインし、次のコマンドを実行してRをインストールします。
# rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/R-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm # rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/R-core-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm # rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/libRmath-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm # rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/libRmath-devel-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm # rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/libRmath-static-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm # rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/R-devel-3.0.1-2.el6.x86_64.rpm
たとえば、次のコマンドでR 3.0.1をRed Hat Enterprise Linux x86-64バージョン6にインストールします(rpmbuildのパスが/refresh/home/の場合)。
# rpm -i /refresh/home/rpmbuild/RPMS/x86_64/R-core-3.0.1-1.el6.x86_64.rpm
Oracle R Distributionは、IntelプラットフォームおよびSPARCプラットフォームのOracle Solarisにインストールできます。インストールを開始する前に、表1-1「Oracle R Enterpriseのプラットフォーム要件」の説明に従って、ご使用のOracle SolarisバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認してください。次のコマンドを使用して、Oracle Solarisのバージョンを確認できます。
uname -r
Oracle R DistributionをOracle Solarisにインストールするには、次の手順を実行します。
Oracle R Distributionのオープン・ソース・ソフトウェアのダウンロード・ページに移動します。
インストールするファイルをダウンロードします。次にR-3.0.1のファイルを示します。
x86 64-bitシステムの場合:
ord-3.0.1-sol10-x86-64-sunstudio12u3.tar.gz ord-3.0.1-supporting-sol10-x86-64-sunstudio12u3.tar.gz
SPARC 64-bitシステムの場合:
ord-3.0.1-sol10-sparc-64-sunstudio12u3.tar.gz ord-3.0.1-supporting-sol10-sparc-64-sunstudio12u3.tar.gz
1つ目のファイル(sol110-x86-64またはsol10-sparc)を解凍します。
rootでnstall.shを実行して、Oracle R Distribution向けのSolaris PKGファイルをインストールします。
# install.sh
2つ目のファイル(supporting-sol10-x86-64またはsupporting-sol10-sparc)を、$ORACLE_HOME/libなどのローカル・ディレクトリに解凍します。このディレクトリを$LD_LIBRARY_PATHに追加します。
次のtarファイルには、libR.soの共有ライブラリが含まれます。
libiconv.so.2
libncurses.so.5
libreadline.so.6
libsunperf.so
libsunperf.so、Sun Performance Libraryおよびその依存共有ライブラリは、Oracle Solaris Studioに含まれています。
次のコマンドを実行し、libR.soが自身の共有ライブラリの依存性をローカル・ディレクトリから正しく検出していることを検証します。
# ldd -r /usr/lib/64/R/lib/libR.so
コマンド・プロンプトでRと入力して、Rを起動します。
% R
Oracle R Distributionをインストールする前に、表1-1「Oracle R Enterpriseのプラットフォーム要件」の説明に従って、ご使用のIBM AIXバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認してください。次のコマンドを使用して、IBM AIXのバージョンを確認できます。
uname -r
Oracle R DistributionをIBM AIXにインストールするには、次の手順を実行します。
Oracle R Distributionのオープン・ソース・ソフトウェアのダウンロード・ページに移動します。
インストールするファイルをダウンロードします。次にR-3.0.1のファイルを示します。
ORD.3.0.1.0.bff.gz ord-supporting-aix.tar.gz
ord-supporting-aix.tar.gzを解凍します。
$ gunzip ord-supporting-aix.tar.gz # get ord-supporting-aix.tar $ tar -xvf ord-supporting-aix.tar # extract contents of .tar file $ ls ord-supporting-aix # list of rpms bash-4.2-5.aix5.1.ppc.rpm libpng-devel-1.5.9-1.aix5.1.ppc.rpm Cairo-1.10.0-1.aix5.2.ppc.rpm pixman-0.28.2-1.aix5.1.ppc.rpm expat-2.0.1-3.aix5.1.ppc.rpm pkg-config-0.25-2.aix5.1.ppc.rpm fontconfig-2.5.0-1.aix5.1.ppc.rpm readline-6.2-3.aix5.1.ppc.rpm gettext-0.17-1.aix5.1.ppc.rpm readline-devel-6.2-3.aix5.1.ppc.rpm glib2-2.28.6-1.aix5.1.ppc.rpm texinfo-4.13a-2.aix5.1.ppc.rpm info-4.13a-2.aix5.1.ppc.rpm xrender-0.9.1-3.aix5.2.ppc.rpm libiconv-1.14-1.aix5.1.ppc.rpm zlib-1.2.6-1.aix5.1.ppc.rpm libpng-1.5.9-1.aix5.1.ppc.rpm zlib-devel-1.2.6-1.aix5.1.ppc.rpm
これらのRPMは、http://www.perzl.org/aix/からダウンロードすることもできます。
rpmコマンドを使用して、rootユーザーとしてRPMをインストールします。
$ cd /download_directory
$ su
# rpm -i *.rpm
既存の依存性をアップグレードするには、次のコマンドを使用します。
# rpm -UF *.rpm
依存性の競合がある場合は、次のコマンドを使用します。
# rpm -UF --nodeps *.rpm
LIBPATH環境変数に/opt/freeware/libを追加します。
kshの場合:
$ export LIBPATH=/opt/freeware/lib:$LIBPATH
cshの場合:
$ setenv LIBPATH /opt/freeware/lib:$LIBPATH
/opt/freeware/libは/usr/libより前に記述してください。
ORD-2.15.1-aix.bff.gzを解凍し、ORD-2.15.1-aix.bffを生成します。
$ gunzip ORD.2.15.1.0.bff.gz
Oracle R Distributionのすべてのファイル・セットをインストールするには、rootでinstallpコマンドを(applyオプション付きで)実行します。
$ cd /download_directory
$ su
# installp -a -d . ORD # install all the filesets in ORD
ファイル・セットを単独でインストールすることもできます。
# installp -a -d . ORD.core # installs only ORE.core # installp -a -d . ORD.devel # installs only ORE.devel
lddを実行して共有ライブラリの依存性が正しく検出されていることを確認します。
$ ldd /usr/lib/R/bin/exec/R $ ldd /usr/lib/R/lib/libR.so (libiconv, libreadline) $ ldd /usr/lib/R/lib/libRlapack.so $ ldd /usr/lib/R/lib/libRblas.so
LIBPATH環境変数に/usr/lib/R/libを追加します。
kshの場合:
$ export LIBPATH=/usr/lib/R/lib:$LIBPATH
cshの場合:
$ setenv LIBPATH /usr/lib/R/lib:$LIBPATH
Oracle R Distributionをインストールする前に、表1-1「Oracle R Enterpriseのプラットフォーム要件」の説明に従って、ご使用のMicrosoft WindowsバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認してください。
WindowsにOracle R Distributionをインストールするには、次の手順を実行します。
Oracle R Distributionのオープン・ソース・ソフトウェアのダウンロード・ページに移動します。
Windows 64ビット向けのR Distributionを選択します。zipファイルをコンピュータに保存します。
ORE-3.0.1-win.zip
ファイルを解凍して実行可能ファイルを抽出します。
ORE-3.0.1-win.exe
Oracle R Distributionのインストールを開始するには、実行可能ファイルをダブル・クリックします。
説明に従って、インストールを完了してください。
この項の手順では、LinuxまたはWindowsクライアントでMKLを使用するためのOracle R Distributionの構成方法を説明します。この簡単な構成手順を使用すると、Oracle R Distributionは、システムにMKLがインストールされている場合は動的にMKLを使用します。
このトピックには次の項が含まれます:
Linuxクライアント上のOracle R DistributionでMKLを有効にするには、次の手順に従います。
MKLをインストールします。MKLは、次のWebサイトからダウンロードできます。
http://software.intel.com/en-us/intel-mkl
注意: コンピュータにMKLをインストールするには、MKLのライセンスが必要です。
LD_LIBRARY_PATHシステム環境変数に、libmkl_rt.so、$RHOME/libおよび$ORACLE_HOME/libを追加します。たとえば、Bashシェルでは次のように指定します。
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:
/path_to/libmkl_rt.so:
${RHOME}/lib:
${ORACLE_HOME}/lib
Rを起動し、次のようにSys.BlasLapack関数を実行します。
Sys.BlasLapack()
$vendor
[1] "Intel Math Kernel Library (Intel MKL)"
$nthreads
[1] -1
$vendorから返された値は、MKLがRに固有のBLASおよびLAPACKを置き換えたことを示します。
nthreadsから返された値は、MKLが使用するスレッドの数を示します。デフォルトでは、使用可能なすべてのスレッドが使用されます($nthreads= -1)。
Windowsクライアント(64ビット)上のOracle R DistributionでMKLを有効にするには、次の手順に従います。
MKLをインストールします。MKLは、次のWebサイトからダウンロードできます。
http://software.intel.com/en-us/intel-mkl
注意: コンピュータにMKLをインストールするには、MKLのライセンスが必要です。
libOrdBlasLoader.dllおよびmkl_rt.dllの場所をPATHシステム環境に追加します。手順は、次の資料を参照してください。
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注意: Oracle R Distribution 3.0.1の標準インストールでは、libOrdBlasLoader.dllはRのホーム・ディレクトリにあります。
C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin\x64 MKL 11.1の完全インストールでは、 C:\Program Files (x86)\Intel\Composer XE 2013 SP |
Rを起動し、次のようにSys.BlasLapack関数を実行します。
R> Sys.BlasLapack()
$vendor
[1] "Intel Math Kernel Library (Intel MKL)"
$nthreads
[1] -1
$vendorから返された値は、MKLがRに固有のBLASおよびLAPACKを置き換えたことを示します。
nthreadsから返された値は、MKLが使用するスレッドの数を示します。デフォルトでは、使用可能なすべてのスレッドが使用されます($nthreads= -1)。
Rをアンインストールするには、次の各項に示す手順を実行します。
Windowsの「コントロール パネル」の「プログラムの追加と削除」を使用して、他のWindowsプログラムのアンインストールと同様にOracle R Distributionをアンインストールします。
Oracle R DistributionをLinuxからアンインストールするには、rootでログインし、次のコマンドをこの順序どおりに実行します。異なるバージョンのRをアンインストールする場合は、3.0.1をそのバージョン番号で置き換えます。
Oracle SolarisでOracle R Distributionをアンインストールするには、Oracle Technology NetworkのOracle R Distributionのダウンロード・ページのREADMEに記載されている手順に従います。
Oracle SolarisにおけるOracle R Distributionのインストール・ディレクトリには、アンインストール・スクリプトが含まれています。rootでログインして、次のスクリプトを実行します。
IBM AIXでOracle R Distributionをアンインストールするには、Oracle Technology NetworkのOracle R Distributionのダウンロード・ページのREADMEに記載されている手順に従います。
