| Oracle® R Enterpriseインストレーションおよび管理ガイド リリース1.5 E67080-02 |
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この章では、Oracle R Enterprise向けのRをインストールする方法について説明します。この章の内容は次のとおりです。
Oracle R Enterpriseでは、サーバー・コンピュータおよびサーバーと対話する各クライアント・コンピュータにRがインストールされている必要があります。Rは、サード・パーティのオープン・ソース・ソフトウェアです。オープン・ソースRは、OracleライセンスではなくGNU General Public License (GPL)で管理されています。
関連項目:
Oracle R EnterpriseでサポートされているRのバージョンについては、表1-2
http://www.r-project.orgの「R Project for Statistical Computing」
ROracleは、RとOracle Databaseとの相互作用を可能にするオープン・ソースRパッケージです。ROracleはオラクル社が保守およびサポートしています。
ROracleは、Oracle R Enterpriseで使用されるオープン・ソースのSupporting Packagesの1つです。Supporting Packagesの概要はOracle R Enterpriseのクライアントおよびサーバー・コンポーネントを、説明は表6-2を参照してください。
Oracle R Enterpriseは、Oracleの無償版ディストリビューションであるOracle R Distributionと組み合せて使用することをお薦めします。Oracle R EnterpriseでOracle R Distributionを使用すると、大きな利点があります。
Oracle R Distributionを使用するメリット
Oracle R Distributionは、Oracle R Enterprise向けのRのインストールを簡略化します。
Oracle R Distributionは、Oracle Advanced Analytics、Oracle LinuxおよびOracle Big Data Applianceのユーザーに対してサポートされています。
WindowsおよびLinuxでは、Oracle R DistributionはIntel Math Kernel Library (MKL)との統合を簡略化します。MKLによってRの数学的計算の多く(高度にベクトル化およびスレッド化された線形代数、高速フーリエ変換(FFT)、ベクトル演算関数、統計関数)のパフォーマンスが大幅に向上します。(クライアントでMKLを使用するためのOracle R Distributionの構成を参照。)
Oracle Solarisでは、Oracle R Distributionは自動的にSun Performance Libraryを使用します。LinuxおよびWindows用のMKLと同様に、Sun Performance Libraryは多くの数学的計算のパフォーマンスを向上します。Sun Performance LibraryはOracle Solaris Studioの一部です。
Oracle R Enterpriseでは、できる限りOracle R Distributionを使用することをお薦めしますが、オープン・ソースRを使用することもできます。オープン・ソースRを使用する場合は、ソースから構築する必要があります。次の構成パラメータを使用してください。
./configure --with-lapack --with-ICU=no --enable-R-shlib
関連項目:
ソースからのRのビルドの詳細は、次の場所にあるRのインストレーションおよび管理ガイドのマニュアルを参照してください。
『Oracle R Enterpriseユーザーズ・ガイド』のクライアントでのサード・パーティのパッケージの使用に関する項
『Oracle R Enterpriseユーザーズ・ガイド』の埋込みRの実行で使用するためのサード・パーティのパッケージのインストールに関する項
Oracle R Distributionは、Oracle LinuxおよびRedhat Enterprise Linuxにインストールできます。インストールを開始する前に、表1-1の説明に従って、ご使用のLinuxバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認してください。次のコマンドを使用してLinuxのバージョンを確認できます。
# uname -r
注意:
インターネットにアクセスできるOracle Linuxシステムでは、次のURLでOracle Public YumサーバーからOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。
http://public-yum.oracle.com/
Oracle R Distributionのインストールには、yumの使用をお薦めします。
Yumを使用するとRPM依存性が自動的に解決されるため、Oracle R Distributionのインストールが簡略になります。RPMを使用したOracle LinuxへのOracle R Distributionのインストールで示されているように直接インストールする場合は、手動で依存関係を解決する必要があります。
Yumを使用してOracle LinuxにOracle R Distributionをインストールするには、次の手順を実行します。
rootでLinuxサーバーにログインして、/etc/yum.repos.dディレクトリに移動します。
# cd /etc/yum.repos.d
ディレクトリの内容をリストして、Yumの構成ファイルが存在しているかどうかを確認します。構成ファイルの名前は、public-yum-xxx.repoで、xxxはOracle Linux 6の場合はol6、Oracle Linux 7の場合はol7です。
Yumの構成ファイルが存在しない場合は、Linuxプラットフォームでwgetコマンドを実行して、Oracle Public Yumからファイルをダウンロードします。
# wget http://public-yum.oracle.com/public-yum-xxx.repo
テキスト・エディタでpublic-yum-xxx.repoを開いて、xxx_latestおよびxxx_addonsにenabled=1を指定します(xxxはLinuxのバージョンを表し、ol6またはol7のいずれかです)。
[xxx_latest] enabled=1 [xxx_addons] enabled=1
また、Oracle Linux 7の場合のみ、次のように指定します。
[ol7_optional_latest]enabled = 1
Oracle R Distributionパッケージの場所は、xxx_addonsに指定されます。Oracle R Distribution RPMの依存性の場所は、xxx_latestに指定されます。Oracle Linux 7の場合のみ、optional_latestに複数の依存性があります。
このトピックの最後の例で、addonsリポジトリのOracle R Distribution RPMのURLを示します。
注意:
最新バージョンのOracle Linuxを使用しておらず、使用しているバージョン固有の依存パッケージをインストールする場合は、該当するOracle Linuxリポジトリを有効にする必要があります。
たとえば、最新のリポジトリではなくOracle Linux 6基本リポジトリを有効にするには、次の手順を実行します。
エディタで、旧バージョンのOracle LinuxのYum構成ファイルを開きます。
/etc/yum.repos.d/public-yum-el6.repo
Oracle Linux 6のセクションの場所を特定します。
[ol6_base]
enabled=0をenabled=1に変更します。
結果は次のようになります。
[ol6_base] name=Oracle Linux $releasever installation media copy ($basearch) baseurl=http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/ base/$basearch/ gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-oracle gpgcheck=1 enabled=1
yum installコマンドを実行して、Rをインストールします。Rversionに3.2.0を指定します。
# yum install R-Rversion
Oracle Public Yumで入手可能な最新バージョンのRをインストールする場合:
# yum install R.x86_64
注意:
Oracle Public Yumの最新バージョンのRが、ご使用のOracle R Enterpriseのバージョンではサポートされていない場合があります。表1-2を参照して、使用する必要があるRのバージョンを判断してください。
例3-1 addonsリポジトリのOracle R Distribution RPM
Rversionは、Oracle R Distributionのバージョンを表します。R 3.2.0の場合、Rversionを3.2.0-2に置き換えます。
Oracle Linux 6:
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-Rversion.el6.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-core-Rversion.el6.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-devel-Rversion.el6.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-Rversion.el6.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-Rversion.el6.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-Rversion.el6.x86_64.rpm
Oracle Linux 7:
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-Rversion.el7.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-core-Rversion.el7.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-devel-Rversion.el7.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-Rversion.el7.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-Rversion.el7.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-Rversion.el7.x86_64.rpm
YumによりRPM依存性が自動的に解決されるため、Yumを使用してOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。ただし、Yumが使用可能でない場合は、RPMを直接インストールして手動で依存性を解決することもできます。
RPMをダウンロードしてインストールするには、rootとしてログインして、次の各項にリストされているRPMごとに次のコマンドを実行します。
rpm -Uvh rpm_name
R 3.2.0向けのOracle R Distribution RPMは次の各項にリストされています。
Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution RPMは次のようにリストされています。
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-3.2.0-2.el7.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-core-3.2.0-2.el7.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-devel-3.2.0-2.el7.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-3.2.0-2.el7.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-3.2.0-2.el7.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-3.2.0-2.el7.x86_64.rpm
Oracle Linux 6向けのOracle R Distribution RPMは次のようにリストされています。
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-3.2.0-2.el6.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-core-3.2.0-2.el6.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-devel-3.2.0-2.el6.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-3.2.0-2.el6.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-3.2.0-2.el6.x86_64.rpm http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-3.2.0-2.el6.x86_64.rpm
Oracle Linux RPMは、Red Hat Linuxシステムにインストールできます。ただし、Red Hat LinuxシステムでOracle R Distribution RPMを再構築する場合は、次の手順に従います。
ヒント:
Rversionは、Oracle R Distributionのバージョンを表します。R 3.2.0の場合、Rversionを3.2.0-2に置き換えます。
Oracle R DistributionをRed Hat Enterprise Linuxにインストールするには、次の手順を実行します。
RPMビルドのディレクトリ構造を作成します。
mkdir -p /rpmbuild/{BUILD,RPMS,SOURCES,SPECS,SRPMS}
(rootを避けるため)専用のビルド・ツリーを使用するようにRPMツールを設定します。
echo '%_topdir %(echo $HOME)/rpmbuild' > /.rpmmacros
Oracle Public YumからソースRPM (Rversion.el6.src.rpm)をダウンロードします。
Red Hat Enterprise Linux 6の場合:
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/index_src.html
ソースRPMを、rpmbuild/SRPMSディレクトリに保存します。
rpmbuildを使用してRed Hat Enterprise Linuxをリビルドします。
rpmbuild --rebuild /rpmbuild/SRPMS/R-Rversion.ol6.src.rpm
注意:
欠落している依存関係がある場合は、rootでインストールします。
バイナリのRPMがビルドされて/rpmbuild/RPMSに保存されます。
rootとしてログインし、次のコマンドを実行してRをインストールします。
# rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/R-Rversion-2.el6.x86_64.rpm # rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/R-core-Rversion.el6.x86_64.rpm # rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/libRmath-Rversion.el6.x86_64.rpm # rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/libRmath-devel-Rversion.el6.x86_64.rpm # rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/libRmath-static-Rversion.el6.x86_64.rpm # rpm -ipath/rpmbuild/RPMS/R-devel-Rversion.el6.x86_64.rpm
たとえば、次のコマンドでR 3.2.0をRed Hat Enterprise Linux x86-64バージョン6にインストールします(rpmbuildのパスが/refresh/home/の場合)。
# rpm -i /refresh/home/rpmbuild/RPMS/x86_64/R-core-3.2.0.el6.x86_64.rpm
Oracle R Distributionは、IntelプラットフォームおよびSPARCプラットフォームのOracle Solarisにインストールできます。インストールを開始する前に、表1-1の説明に従って、ご使用のOracle SolarisバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認してください。次のコマンドを使用して、Oracle Solarisのバージョンを確認できます。
uname -r
Oracle R DistributionをOracle Solarisにインストールするには、次の手順を実行します。
Oracle R Distributionのオープン・ソース・ソフトウェアのダウンロード・ページに移動します。
インストール用のファイルをダウンロードします。R-3.2.0の場合、ここでのRversionは3.2.0.0です。
x86 64-bitシステムの場合:
ord-Rversion-sol10-x86-64-sunstudio12u3.tar.gz ord-Rversion-supporting-sol10-x86-64-sunstudio12u3.tar.gz
SPARC 64-bitシステムの場合:
ord-Rversion-sol10-sparc-64-sunstudio12u3.tar.gz ord-Rversion-supporting-sol10-sparc-64-sunstudio12u3.tar.gz
1つ目のファイル(sol110-x86-64またはsol10-sparc)を解凍します。
rootでnstall.shを実行して、Oracle R Distribution向けのSolaris PKGファイルをインストールします。
# install.sh
2つ目のファイル(supporting-sol10-x86-64またはsupporting-sol10-sparc)を、$ORACLE_HOME/libなどのローカル・ディレクトリに解凍します。このディレクトリを$LD_LIBRARY_PATHに追加します。
次のtarファイルには、libR.soの共有ライブラリが含まれます。
libiconv.so.2
libncurses.so.5
libreadline.so.6
libsunperf.so
libsunperf.so、Sun Performance Libraryおよびその依存共有ライブラリは、Oracle Solaris Studioに含まれています。
次のコマンドを実行し、libR.soが自身の共有ライブラリの依存性をローカル・ディレクトリから正しく検出していることを検証します。
# ldd -r /usr/lib/64/R/lib/libR.so
コマンド・プロンプトでRと入力して、Rを起動します。
% R
Oracle R Distributionをインストールする前に、表1-1の説明に従って、ご使用のIBM AIXバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認してください。次のコマンドを使用して、IBM AIXのバージョンを確認できます。
uname -r
Oracle R DistributionをIBM AIXにインストールするには、次の手順を実行します。
Oracle R Distributionのオープン・ソース・ソフトウェアのダウンロード・ページに移動します。
インストール用のファイルをダウンロードします。R-3.2.0の場合、ここでのRversionは3.2.0.0です。
ORD.Rversion.bff.gz
ord-supporting-aix.tar.gz
AIX 7の場合、次のものをダウンロードします。
ORD.Rversion-aix-7.bff.gz
ord-supporting-aix.tar.gz
ord-supporting-aix.tar.gzを解凍します。
$ gunzip ord-supporting-aix.tar.gz # get ord-supporting-aix.tar $ tar -xvf ord-supporting-aix.tar # extract contents of .tar file $ ls ord-supporting-aix # list of rpms bash-4.2-5.aix5.1.ppc.rpm libpng-devel-1.5.9-1.aix5.1.ppc.rpm Cairo-1.10.0-1.aix5.2.ppc.rpm pixman-0.28.2-1.aix5.1.ppc.rpm expat-2.0.1-3.aix5.1.ppc.rpm pkg-config-0.25-2.aix5.1.ppc.rpm fontconfig-2.5.0-1.aix5.1.ppc.rpm readline-6.2-3.aix5.1.ppc.rpm gettext-0.17-1.aix5.1.ppc.rpm readline-devel-6.2-3.aix5.1.ppc.rpm glib2-2.28.6-1.aix5.1.ppc.rpm texinfo-4.13a-2.aix5.1.ppc.rpm info-4.13a-2.aix5.1.ppc.rpm xrender-0.9.1-3.aix5.2.ppc.rpm libiconv-1.14-1.aix5.1.ppc.rpm zlib-1.2.6-1.aix5.1.ppc.rpm libpng-1.5.9-1.aix5.1.ppc.rpm zlib-devel-1.2.6-1.aix5.1.ppc.rpm
これらのRPMは、http://www.perzl.org/aix/からダウンロードすることもできます。
rpmコマンドを使用して、rootユーザーとしてRPMをインストールします。
$ cd /download_directory/ord-supporting-aix
$ su
# rpm -i *.rpm
既存の依存性をアップグレードするには、次のコマンドを使用します。
# rpm -UF *.rpm
依存性の競合がある場合は、次のコマンドを使用します。
# rpm -UF --nodeps *.rpm
LIBPATH環境変数に/opt/freeware/libを追加します。
kshの場合:
$ export LIBPATH=/opt/freeware/lib:$LIBPATH
cshの場合:
$ setenv LIBPATH /opt/freeware/lib:$LIBPATH
/opt/freeware/libは/usr/libより前に記述してください。
ORD-Rversion-aix.bff.gzを解凍して、ORD-Rversion-aix.bffを取得します。
$ gunzip ORD.Rversion.bff.gz
Oracle R Distributionのすべてのファイル・セットをインストールするには、rootでinstallpコマンドを(applyオプション付きで)実行します。
$ cd /download_directory
$ su
# installp -a -d . ORD # install all the filesets in ORD
ファイル・セットを単独でインストールすることもできます。
# installp -a -d . ORD.core # installs only ORE.core # installp -a -d . ORD.devel # installs only ORE.devel
LIBPATH環境変数に/usr/lib/R/libを追加します。
kshの場合:
$ export LIBPATH=/usr/lib/R/lib:$LIBPATH
cshの場合:
$ setenv LIBPATH /usr/lib/R/lib:$LIBPATH
lddを実行して共有ライブラリの依存性が正しく検出されていることを確認します。
$ ldd /usr/lib/R/bin/exec/R $ ldd /usr/lib/R/lib/libR.so (libiconv, libreadline) $ ldd /usr/lib/R/lib/libRlapack.so $ ldd /usr/lib/R/lib/libRblas.so
Oracle R Distributionをインストールする前に、表1-1の説明に従って、ご使用のMicrosoft WindowsバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認してください。
WindowsにOracle R Distributionをインストールするには、次の手順を実行します。
Oracle R Distributionのオープン・ソース・ソフトウェアのダウンロード・ページに移動します。
Windows 64ビット向けのR Distributionを選択します。zipファイルをコンピュータに保存します。
ORD-Rversion-win.zip
ファイルを解凍して実行可能ファイルを抽出します。
ORD-Rversion-win.exe
Oracle R Distributionのインストールを開始するには、実行可能ファイルをダブルクリックします。
説明に従って、インストールを完了してください。
この項の手順では、LinuxまたはWindowsクライアントでMKLを使用するためのOracle R Distributionの構成方法を説明します。この簡単な構成手順を使用すると、Oracle R Distributionは、システムにMKLがインストールされている場合は動的にMKLを使用します。
Linuxクライアント上のOracle R DistributionでMKLを有効にするには、次の手順に従います。
MKLをインストールします。MKLは、次のWebサイトからダウンロードできます。
http://software.intel.com/en-us/intel-mkl
注意: コンピュータにMKLをインストールするには、MKLのライセンスが必要です。
LD_LIBRARY_PATHシステム環境変数に、libmkl_rt.so、$RHOME/libおよび$ORACLE_HOME/libを追加します。たとえば、Bashシェルでは次のように指定します。
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:
/path_to/libmkl_rt.so:
${RHOME}/lib:
${ORACLE_HOME}/lib
Rを起動し、次のようにSys.BlasLapack関数を実行します。
Sys.BlasLapack()
$vendor
[1] "Intel Math Kernel Library (Intel MKL)"
$nthreads
[1] -1
$vendorから返された値は、MKLがRに固有のBLASおよびLAPACKを置き換えたことを示します。
nthreadsから返された値は、MKLが使用するスレッドの数を示します。デフォルトでは、使用可能なすべてのスレッドが使用されます($nthreads= -1)。
Windowsクライアント(64ビット)上のOracle R DistributionでMKLを有効にするには、次の手順に従います。
MKLをインストールします。MKLは、次のWebサイトからダウンロードできます。
http://software.intel.com/en-us/intel-mkl
注意: コンピュータにMKLをインストールするには、MKLのライセンスが必要です。
libOrdBlasLoader.dllおよびmkl_rt.dllの場所をPATHシステム環境に追加します。手順は、次の資料を参照してください。
注意:
Oracle R Distributionの標準インストールでは、libOrdBlasLoader.dllはRのホーム・ディレクトリにあります。
C:\Program Files\R\R-version\bin\x64
MKL 11.1の完全インストールでは、mkl_rt.dllは、次の場所にあるIntel MKL Composer XEディレクトリにあります。
C:\Program Files (x86)\Intel\Composer XE 2013 SP
Rを起動し、次のようにSys.BlasLapack関数を実行します。
R> Sys.BlasLapack()
$vendor
[1] "Intel Math Kernel Library (Intel MKL)"
$nthreads
[1] -1
$vendorから返された値は、MKLがRに固有のBLASおよびLAPACKを置き換えたことを示します。
nthreadsから返された値は、MKLが使用するスレッドの数を示します。デフォルトでは、使用可能なすべてのスレッドが使用されます($nthreads= -1)。
Windowsの「コントロール パネル」の「プログラムの追加と削除」を使用して、他のWindowsプログラムのアンインストールと同様にOracle R Distributionをアンインストールします。
Oracle R DistributionをLinuxからアンインストールするには、rootでログインし、次のコマンドをこの順序どおりに実行します。この例では、R-3.2.0をアンインストールします。異なるバージョンのRをアンインストールするには、例のRのバージョンを、アンインストールするバージョン番号に置き換えます。
例3-2 Oracle R Distributionのアンインストール用のLinuxコマンド
rootとして次のコマンドを実行します。
たとえば、R-3.2.0の場合、コマンドは次のとおりです。
rpm -e R-3.2.0-2.el6 rpm -e R-devel rpm -e R-core rpm -e libRmath-devel rpm -e libRmath
Oracle SolarisでOracle R Distributionをアンインストールするには、Oracle Technology NetworkのOracle R Distributionのダウンロード・ページのREADMEに記載されている手順に従います。
Oracle SolarisにおけるOracle R Distributionのインストール・ディレクトリには、アンインストール・スクリプトが含まれています。rootでログインして、次のスクリプトを実行します。
例3-3 Oracle R Distributionのアンインストール用のSolarisスクリプト
次のスクリプトをrootで実行します。
./uninstall.sh
IBM AIXでOracle R Distributionをアンインストールするには、Oracle Technology NetworkのOracle R Distributionのダウンロード・ページのREADMEに記載されている手順に従います。
例3-4 Oracle R Distributionのアンインストール用のAIXスクリプト
すべてのファイル・セットをアンインストールするには、次のスクリプトをrootで実行します。
installp -u ORD
個別のファイル・セットをアンインストールするには、名前を指定します。
installp -u ORD.devel installp -u ORD.core
