3.2 LinuxへのOracle R Distributionのインストール

Oracle R Distributionは、Oracle LinuxおよびRedhat Enterprise Linuxにインストールできます。

インストールを開始する前に、「Oracle R Enterpriseのシステム要件」のプラットフォーム要件の表の説明に従って、ご使用のLinuxバージョンがOracle R Enterpriseでサポートされていることを確認してください。次のコマンドを使用してLinuxのバージョンを確認できます。

# uname -r

注意:

インターネットにアクセスできるOracle Linuxシステムでは、次のURLでOracle Public YumサーバーからOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。

http://public-yum.oracle.com/

このトピックには次の項が含まれます:

3.2.1 Yumを使用したOracle LinuxへのOracle R Distributionのインストール

Oracle R Distributionのインストールには、yumの使用をお薦めします。

Yumを使用するとRPM依存性が自動的に解決されるため、Oracle R Distributionのインストールが簡略になります。RPMを直接インストールする場合、手動で依存性を解決する必要があります。

Yumを使用してOracle LinuxにOracle R Distributionをインストールするには、次の手順を実行します。

rootでLinuxサーバーにログインして、/etc/yum.repos.dディレクトリに変更します。
```
# cd /etc/yum.repos.d
```
ディレクトリの内容をリストして、Yumの構成ファイルが存在しているかどうかを確認します。構成ファイルの名前は、public-yum-xxx.repoで、xxxはOracle Linux 6の場合はol6、Oracle Linux 7の場合はol7です。

Yumの構成ファイルが存在しない場合は、Linuxプラットフォームでwgetコマンドを実行して、Oracle Public Yumからファイルをダウンロードします。
```
# wget http://public-yum.oracle.com/public-yum-xxx.repo
```
テキスト・エディタでpublic-yum-xxx.repoを開いて、xxx_latestおよびxxx_addonsにenabled=1を指定します(xxxはLinuxのバージョンを表し、ol6またはol7のいずれかです)。
```
[xxx_latest]
enabled=1

[xxx_addons]
enabled=1
```
また、Oracle Linux 7の場合のみ、次のように指定します。
```
[ol7_optional_latest]
enabled = 1
```
Oracle R Distributionパッケージの場所は、xxx_addonsに指定されます。Oracle R Distribution RPMの依存性の場所は、xxx_latestに指定されます。Oracle Linux 7の場合のみ、optional_latestに複数の依存性があります。

このトピックの最後の例で、addonsリポジトリのOracle R Distribution RPMのURLを示します。
注意:
最新バージョンのOracle Linuxを使用しておらず、使用しているバージョン固有の依存パッケージをインストールする場合は、該当するOracle Linuxリポジトリを有効にする必要があります。

たとえば、最新のリポジトリではなくOracle Linux 6基本リポジトリを有効にするには、次の手順を実行します。
1. エディタで、旧バージョンのOracle LinuxのYum構成ファイルを開きます。
```
/etc/yum.repos.d/public-yum-el6.repo
```
2. Oracle Linux 6のセクションの場所を特定します。
```
[ol6_base]
```
3. enabled=0をenabled=1に変更します。
  
  結果は次のようになります。
```
[ol6_base]
name=Oracle Linux $releasever installation media copy ($basearch)
baseurl=http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/
base/$basearch/
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-oracle
gpgcheck=1
enabled=1
```
yum installコマンドを実行して、Rをインストールします。インストールするバージョン番号を、Rversionに指定します。例えば、R-3.3.0をインストールするには、コマンドyum install R-3.3.0を使用します。
```
# yum install R-Rversion
```
Oracle Public Yumで入手可能な最新バージョンのRをインストールする場合:
```
# yum install R.x86_64
```
注意:
Oracle Public Yumの最新バージョンのRが、ご使用のOracle R Enterpriseのバージョンではサポートされていない場合があります。「Oracle R Enterpriseシステム要件」の構成要件の表およびサーバーのサポートを参照して、使用できるRのバージョンを判断してください。
Linux 6の場合、R-core-extra RPMをインストールします。
```
yum install R-core-extra
```
Linux 6では、LD_LIBRARY_PATH環境変数をR-core-extra RPMの場所に設定します。

例えば、R-core-extra RPMのデフォルトの場所は/usr/lib64/R/port/Linux-X64/libです。次のコマンドを使用して、LD_LIBRARY_PATHをデフォルトの場所に設定します。
```
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/R/port/Linux-X64/lib
```
Linux 7では、これらのライブラリの必要なバージョンは、LD_LIBRARY_PATHの設定が必要ないため、ネイティブで使用可能です。

R-core-extra RPMについて

Rは、様々なサード・パーティのライブラリ、zlib、bzip2、xz、pcreおよびcurlに常に依存します。R-3.3.0より前では、Rはより古いバージョンのライブラリに依存し、これらがシステムにない場合でも、同梱されたコピーがオンザフライで構築されて含まれていました。

R-3.3.0は、より新しいバージョンのこれらのライブラリに依存し、同梱されたコピーは含まれていません。つまり、R-3.3.0で必要なものより、これらのライブラリのネイティブ・バージョンが古いため、R 3.3.0はLinux 6では構築されません。

R-core-extraのRPMには、これらのライブラリの必要なバージョンが含まれ、便宜上、Oracle Linux 6のユーザーのために提供されます。R-core-extraのライブラリの場所をLD_LIBRARY_PATHに追加すると、これらのライブラリを個別に構築する必要がありません。Oracle Linux 7では、これらのライブラリの必要なバージョンが提供されますが、便宜上、必要に応じR-core-extraのRPMが提供されます。

例3-1 addonsリポジトリのOracle R Distribution RPM

次のURLで、Rversionは、Oracle R Distributionのバージョンを表します。例えば、R 3.3.0の場合、Rversionを3.3.0-1に置き換えます。

Oracle Linux 6:

http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-Rversion.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-core-Rversion.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-core-extra-Rversion.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-devel-Rversion.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-Rversion.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-Rversion.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-Rversion.el6.x86_64.rpm

Oracle Linux 7:

http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-Rversion.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-core-Rversion.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-core-extra-Rversion.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-devel-Rversion.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-Rversion.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-Rversion.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-Rversion.el7.x86_64.rpm

3.2.2 RPMを使用したOracle LinuxへのOracle R Distributionのインストール

YumによりRPM依存性が自動的に解決されるため、Yumを使用してOracle R Distributionをインストールすることをお薦めします。ただし、インターネットへのアクセスがないためにYumが使用可能でない場合は、RPMを直接インストールして手動で依存性を解決することもできます。

RPMをダウンロードしてインストールするには、rootとしてログインして、次の各項にリストされているRPMごとに次のコマンドを実行します。

rpm -Uvh rpm_name

3.2.2.1 Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution 3.3.0 RPM

Oracle Linux 7向けのOracle R Distribution RPMは次のようにリストされています。

http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-core-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-core-extra-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/R-devel-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL7/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-3.3.0-2.el7.x86_64.rpm

3.2.2.2 Oracle Linux 6向けのOracle R Distribution 3.3.0 RPM

Oracle Linux 6向けのOracle R Distribution RPMは次のようにリストされています。

http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-3.3.0-2.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-core-3.3.0-2.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-core-extra-3.3.0-2.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/R-devel-3.3.0-2.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-3.3.0-2.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-devel-3.3.0-2.el6.x86_64.rpm
http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/getPackage/libRmath-static-3.3.0-2.el6.x86_64.rpm

3.2.3 Red Hat Enterprise LinuxへのOracle R Distributionのインストール

Oracle Linux RPMは、Red Hat Linuxシステムにインストールできます。ただし、Red Hat LinuxシステムでOracle R Distribution RPMを再構築する場合は、次の手順に従います。

ヒント:

Rversionは、Oracle R Distributionのバージョンを表します。Rversionを構築するRのバージョンに置き換えます。例えば、R-3.3.0の場合、Rversionをrpm -i /refresh/home/rpmbuild/RPMS/x86_64/R-core-3.3.0-2.el6.x86_64.rpmに置き換えます。

Oracle R DistributionをRed Hat Enterprise Linuxにインストールするには、次の手順を実行します。

RPMビルドのディレクトリ構造を作成します。
```
mkdir -p /rpmbuild/{BUILD,RPMS,SOURCES,SPECS,SRPMS}
```
(rootを避けるため)専用のビルド・ツリーを使用するようにRPMツールを設定します。
```
echo '%_topdir %(echo $HOME)/rpmbuild' > /.rpmmacros
```
Oracle public yumから、ソースRPM(Rversion.elx.src.rpm、xは、使用しているOracle Linuxのバージョン)をダウンロードします。

Red Hat Enterprise Linux 6の場合:

http://public-yum.oracle.com/repo/OracleLinux/OL6/addons/x86_64/index_src.html

ソースRPMを、rpmbuild/SRPMSディレクトリに保存します。
rpmbuildを使用してRed Hat Enterprise Linuxをリビルドします。
```
rpmbuild --rebuild /rpmbuild/SRPMS/R-Rversion.elx.src.rpm
```
注意:
欠落している依存関係がある場合は、rootでインストールします。

バイナリのRPMがビルドされて/rpmbuild/RPMSに保存されます。

rootとしてログインし、次のコマンドを実行してRをインストールします。

# rpm -i path/rpmbuild/RPMS/R-Rversion.elx.x86_64.rpm 
# rpm -i path/rpmbuild/RPMS/R-core-Rversion.elx.x86_64.rpm 
# rpm -i path/rpmbuild/RPMS/libRmath-Rversion.elx.x86_64.rpm 
# rpm -i path/rpmbuild/RPMS/libRmath-devel-Rversion.elx.x86_64.rpm 
# rpm -i path/rpmbuild/RPMS/libRmath-static-Rversion.elx.x86_64.rpm 
# rpm -i path/rpmbuild/RPMS/R-devel-Rversion.elx.x86_64.rpm

たとえば、次のコマンドでR 3.3.0をRed Hat Enterprise Linux x86-64バージョン6にインストールします(rpmbuildのパスが/refresh/home/の場合)。

rpm -i /refresh/home/rpmbuild/RPMS/x86_64/R-core-3.3.0-2.el6.x86_64.rpm