IPv6 インタフェースが存在したとしても、必ずしもシステムで IPv6 が使用されているわけではありません。そのインタフェース上で IPv6 アドレスを実際に構成するまでインタフェースは起動されません。
たとえば、ifconfig の次の出力では、inet6 net0 インタフェースが UP としてマークされておらず、そのアドレスが ::/0 であることが示されています。つまり、IPv6 インタフェースは構成されていません。
# ifconfig net0 inet6 net0: flags=120002000840<RUNNING,MULTICAST,IPv6,PHYSRUNNING> mtu 1500 index 2 inet6 ::/0
in.ndpd デーモンは引き続きシステム上で実行されていますが、addrconf アドレスが構成されていない IP インタフェース上では動作しません。