对于 ZFS，不存在与 fsck 等效的实用程序。此实用程序传统上有两个作用：文件系统修复和文件系统验证。
对于传统的文件系统，写入数据的方法本身容易出现导致文件系统不一致的意外故障。由于传统的文件系统不是事务性的，因此可能会出现未引用的块、错误的链接计数或其他不一致的文件系统结构。添加日志记录确实解决了其中的一些问题，但是在无法回滚日志时可能会带来其他问题。采用 ZFS 配置的磁盘存在数据不一致的唯一原因是硬件故障（在这种情况下该池应该已经设置冗余）或者 ZFS 软件存在错误。
fsck 实用程序可以解决 UFS 文件系统特有的已知问题。大多数 ZFS 存储池问题一般都与硬件故障或电源故障有关。使用冗余池可以避免许多问题。如果硬件故障或断电导致池损坏，请参见修复 ZFS 存储池范围内的损坏。
如果没有冗余池，则始终存在因文件系统损坏而造成无法访问某些或所有数据的风险。
除了文件系统修复外，fsck 实用程序还能验证磁盘上的数据是否没有问题。过去，此任务要求取消挂载文件系统并运行 fsck 实用程序，在该过程中可能会使系统进入单用户模式。此情况导致的停机时间的长短与所检查文件系统的大小成比例。ZFS 提供了一种对所有不一致性执行例程检查的机制，而不是要求显式实用程序执行必要的检查。此功能（称为清理）通常在内存或其他系统中使用，用于在错误导致硬件或软件故障前检测及预防这些错误。
每当 ZFS 遇到错误时（不管是在清理时还是按需访问文件时），都会在内部记录该错误，以便您可以快速查看池中所有已知错误的概述。
检查数据完整性的最简单方式是对该池中的数据进行显式清理。此操作对池中的所有数据遍历一次，并验证是否可以读取所有块。尽管任何 I/O 的优先级一直低于常规操作的优先级，但是清理以设备所允许的最快速度进行。虽然进行清理时池数据应该保持可用而且几乎都做出响应，但是此操作可能会对性能产生负面影响。要启动显式清理，请使用 zpool scrub 命令。例如：
# zpool scrub tank
使用 zpool status 命令可以显示当前清理操作的状态。例如：
# zpool status -v tank pool: tank state: ONLINE scan: scrub in progress since Mon Jun 7 12:07:52 2010 201M scanned out of 222M at 9.55M/s, 0h0m to go 0 repaired, 90.44% done config: NAME STATE READ WRITE CKSUM tank ONLINE 0 0 0 mirror-0 ONLINE 0 0 0 c1t0d0 ONLINE 0 0 0 c1t1d0 ONLINE 0 0 0 errors: No known data errors
每个池一次只能发生一个活动的清理操作。
可通过使用 –s 选项来停止正在进行的清理操作。例如：
# zpool scrub -s tank
在大多数情况下，目的在于确保数据完整性的清理操作应该一直执行到完成。如果清理操作影响了系统性能，您可以自行决定停止清理操作。
执行例程清理可以保证对系统上所有磁盘执行连续的 I/O。例程清理具有副作用，即阻止电源管理将空闲磁盘置于低功耗模式。如果系统基本上一直在执行 I/O，或功耗不是重要的考虑因素，则可以安全地忽略此问题。如果系统基本处于空闲状态，您希望节省磁盘功耗，应考虑使用 cron(1M) 安排显式清理，而不使用后台清理。这仍然会执行数据的全面清理，尽管在清理完成前会产生大量 I/O，完成时可以将磁盘作为正常状态进行电源管理。缺点（除了增加 I/O 外）是有大量时间没有进行任何清理操作，在这些时间段内数据损坏风险可能会增加。
有关解释 zpool status 输出的更多信息，请参见查询 ZFS 存储池的状态。
替换设备时，将启动重新同步操作，以便将正确副本中的数据移动到新设备。此操作是一种形式的磁盘清理。因此，在给定的时间，池中只能发生一个这样的操作。如果清理操作正在进行，则重新同步操作会暂停当前清理，并在重新同步完成后重新启动清理操作。
有关重新同步的更多信息，请参见查看重新同步状态。