Las limitaciones de NPIV cuando se utiliza para virtualizar puertos de canal de fibra son las siguientes:
Los puertos NPIV no se pueden utilizar para iniciar el sistema.
Los puertos NPIV se usan mejor en las SAN con un número relativamente pequeño de puertos, virtuales o físicos. Asimismo, es posible que algunos destinos no tengan recursos suficientes para procesar el gran número de puertos que NPIV puede crear. Esta limitación existe porque si la SAN tiene un gran número de puertos, el procesamiento de las notificaciones de cambio de estado (SCN) en la SAN lleva mucho tiempo. Para eludir esta limitación en una SAN de gran tamaño, puede utilizar la delimitación de zonas, lo cual puede limitar el número de puertos visibles.
MPxIO se puede utilizar con NPIV, aunque debe asegurarse de que distintas rutas sean físicamente redundantes.
NPIV sólo se admite en una topología de tejido y no en una topología FC-AL o punto a punto.
No todos los productos de hardware admiten NPIV. Tanto los conmutadores como los HBA (aunque no sean de destino) deben admitir NPIV en una SAN. De acuerdo con las especificaciones, los HBA deben admitir hasta 255 puertos virtuales, aunque esta capacidad se define según los recursos del conmutador. Es posible que los conmutadores se deban actualizar con el firmware más reciente para que admitan NPIV.