La biblioteca fontconfig realiza la sustitución de fuentes cuando no están presentes todas las fuentes o caracteres individuales. Si el sistema necesita mostrar una fuente que no está disponible, fontconfig intenta mostrar una fuente similar. Por ejemplo, si una página web solicita mostrar la fuente Verdana y la fuente no está instalada en el sistema, fontconfig muestra una fuente similar, como Helvetica. La lista de fuentes similares está definida en el archivo /etc/fonts/fonts.conf.
Si el sistema necesita mostrar un carácter que no está presente en la fuente seleccionada, fontconfig intenta mostrar el carácter en una fuente similar. Por ejemplo, puede seleccionar Bitstream Vera Sans como fuente de la aplicación de editor de texto. La familia de fuentes Bitstream Vera no incluye caracteres cirílicos. Si abre un documento que contiene un carácter cirílico, el editor de texto utiliza una fuente similar que incluye caracteres cirílicos para mostrar el carácter.
La biblioteca fontconfig también define los alias de las fuentes, por ejemplo, serif, sans-serify monospace. Al seleccionar uno de los alias de una fuente, el sistema intenta utilizar la primera fuente definida para ese alias en el archivo /etc/fonts/fonts.conf.