本節說明如何使用檔案與資料夾。
檔案系統組織為階層、樹狀的結構。檔案系統最高層為 / 或稱為根目錄。在此設計理念中，將所有事物都視為檔案，包括硬碟、分割區與可移除式媒體。所有檔案與目錄 (包括其他磁碟與分割區) 皆存在於根目錄之下。
例如，/home/jebediah/cheeses.odt 顯示 cheeses.odt 檔案正確的完整路徑，它位於根 (/) 目錄下 home 目錄下的 jebediah 目錄。
在根 (/) 目錄下，是一組經常使用的重要系統目錄。下列清單說明直接在根 (/) 目錄下的常用目錄：
/etc – 組態檔案、啟動命令檔等等
/home – 本機使用者的個人目錄
/bin – 重要的二進位應用程式
/boot – 電腦開機所需的檔案
/dev – 裝置檔案
/lib - 系統程式庫
/lost+found – 為根 (/) 目錄下的檔案，提供「失物招領」系統 (遺失但找到的檔案會位於此處)
/opt – 提供安裝選擇性應用程式的位置
/proc – 維護系統狀態資訊的特殊動態目錄，包括目前執行中的程序
/media – 掛載 (載入) 的可移除式媒體，例如 CD、數位相機等等
/mnt – 掛載的檔案系統
/root – Root 使用者個人目錄，讀法為 “slash-root”
/sbin – 重要的系統二進位檔
/srv – 提供伺服器所使用資料的位置
/sys – 包含有關系統的資訊
/tmp - 暫存檔案
/usr – 可供所有使用者存取的大部分應用程式與檔案
/var – 可變動的檔案，例如日誌與資料庫