ユーザー初期設定ファイルは、管理者とユーザーの両者によってカスタマイズできます。この重要なタスクは、サイト初期設定ファイルと呼ばれる、一元管理され、大域的に配布されるユーザー初期設定ファイルによって実現します。サイト初期設定ファイルを使用して、ユーザーの作業環境に新しい機能を絶えず導入でき、しかもユーザーはユーザー初期設定ファイルをカスタマイズすることもできます。
ユーザー初期設定ファイルでサイト初期設定ファイルを参照するとき、サイト初期設定ファイルに対して行なったすべての更新は、ユーザーがシステムにログインするときかユーザーが新しいシェルを起動するとき自動的に反映されます。サイト初期設定ファイルでは、ユーザーを追加したときにはなかったサイト全体の変更をユーザーの作業環境に配布できます。
ユーザー初期設定ファイルでできるカスタマイズは、サイト初期設定ファイルでも行えます。これらのファイルは通常はサーバー、またはサーバーのグループにあり、ユーザー初期設定ファイルの最初の行に現れます。また、各サイト初期設定ファイルは、それを参照するユーザー初期設定ファイルと同じ型のシェルスクリプトでなければなりません。
bash または ksh93 ユーザー初期設定ファイル内でサイト初期設定ファイルを参照するには、ユーザー初期設定ファイルの先頭に次のような行を記述します。
. /net/machine-name/export/site-files/site-init-file